基因组所-程时锋导师介绍
程时锋
研究员
硕，博士生导师
男
基因组所
★生物信息学
,农艺与种业
小麦种质资源创新及遗传机制解析,豌豆种质资源创新及遗传机制解析,谷-豆”主要作物基因组辅助分子育种,结瘤共生固氮起源分子模型及遗传机制解,C4光合作用起源分子模型及遗传机制解析,植物生命起源与大进化中水平基因转移
chengshifeng@caas.cn
博士招生专业
1
★生物信息学
2023
1
学术型博士
招生信息
1
★生物信息学
2023
1
学术型硕士
程时锋，研究员，博士生导师。国家自然科学基金委优秀青年科学基金获得者，中国农业科学院“青年英才”，深圳市重大人才项目获得者。主要立足于基因组学和生物信息学，结合“计算”和“实验”技术手段，从比较进化基因组学、群体数量遗传学、和泛组学等三个方面，从不同时空维度研究植物关键性状起源和演化的分子遗传创新机制，和作物农艺性状表型变异的基因定位、发现和其育种应用。
主持的主要课题
a）主持了国际“谷-豆”基因组联盟项目（http://www.g3rp.com/）， 建立了以禾本科作物小麦、以及豆科作物豌豆为模式的研究体系。绘制作物群体遗传变异多样性图谱、构建作物群体生命周期表型库，以及开发作物基因组大数据MTAs（marker/gene-trait association）和基于多系家族作图群体的JLA（Joint-linkage association）研究方法；
b）主持了全球结瘤生物固氮分支N2-fixing Nodulation Clade比较进化基因组学联盟项目（NodEvo），研究Root Nodule Symbiosis的祖先新性状起源与多样性演化的分子演化机制，及基因表达表观调控机制；
c）主持了全球C4光合作用比较进化基因组学国际联盟（https://www.c4phylomics.org/），研究其起源、平行及渐近式演化的分子遗传机制，和基因表达表观调控机制。
程时锋研究员的相关研究成果以第一或通讯作者(含共同)发表在Science（2篇）、CELL、Nature Biotechnology、Plant Cell等杂志10余篇，共发表SCI论文40余篇，他引11000多次。多次主持国际联盟重大项目，主持国际学术研讨会并作报告。目前拥有团队成员15名，主要来自计算机科学、基因组学、生物信息学、植物分子生物学、进化与群体遗传学等多个学科。
工作经历
2018/10-至今 中国农业科学院农业基因组研究所 研究员
2017/01-2018/10 华大基因研究院 资深科学家
2008/09-2013/08 华大基因研究院 高级信息工程师
教育经历
2013/09-2017/01 香港大学 博士研究生
2008/09-2011/07 深圳华大基因研究院 硕士研究生
2004/09-2008/07 湖北大学，生物科学 本科
研究方向：
1） 小麦种质资源创新、群体数量遗传学和麦类农艺性状遗传机制解析；
2） 豌豆种质资源创新、群体数量遗传学和孟德尔性状遗传机制解析；
3） “谷-豆”主要作物基因组辅助分子育种；
4） 比较进化基因组学研究结瘤共生固氮起源分子模型和进化发育的遗传机制；
5） 比较进化基因组学研究C4光合作用起源分子模型和进化发育的遗传机制；
6） 植物生命起源与大进化中水平基因转移
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科研项目
程时锋研究员主持国家重点研发计划1项，省部级项目2项。目前聚焦以“小麦”、“豌豆”群体驯化为对象，以“C4光合”和“结瘤固氮” 进化发育遗传解析为目标的系统生物学研究。
承担的主要科研任务情况（部分）：
（1）广东省珠江人才计划，重要农作物结瘤固氮遗传调控网络构建与基因组工程，2020-2025，1000万；
（2）科技部重点研发计划，合成生物学专项任务二，2019-2024，736万；
（3）国家自然科学基金委，优秀青年科学基金，植物共生与固氮，主持，32022006，2021.01-2023.12，120万。
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研究成果
程时锋研究员的相关研究成果以第一或通讯作者(含共同)发表在Science（2篇）、CELL、Nature Biotechnology、Plant Cell等杂志10余篇，共发表SCI论文40余篇，他引11000多次。
代表性论文: *第一作者 †通讯作者
1. Cheng S*, Wong G,Melkonian M. Giant DNA viruses make big strides in eukaryote evolution. CellHost & Microbe (2021). https://doi.org/10.1016/j.chom.2021.01.008
2. Cheng S*, Xian W, Fu Y,et al. Genomes of Subaerial Zygnematophyceae Provide Insights into Land PlantEvolution. Cell, 2019, 179(5): 1057-1067. e14.
3. Griesmann M, Chang Y, Liu X, etal. Cheng S†. Phylogenomics reveals multiple losses ofnitrogen-fixing root nodule symbiosis. Science, 2018, 361(6398):eaat1743.
4. Cheng S*, Melkonian M,Smith SA, et al. 10KP: A phylodiverse genome sequencing plan. Gigascience.2018;7(3):1–9.
5. Cheng S*, Gutmann B,Zhong X, et al. Redefining the structural motifs that determine RNA binding andRNA editing by pentatricopeptide repeat proteins in land plants. PlantJ. 2016;85(4):532–547.
6. Lin S, Cheng S*, Song B,et al. The Symbiodinium kawagutii genome illuminates dinoflagellate geneexpression and coral symbiosis. Science. 2015;350(6261):691–694.
7. Cheng S*, van den BerghE, Zeng P, et al. The Tarenaya hassleriana genome provides insight intoreproductive trait and genome evolution of crucifers. Plant Cell.2013;25(8):2813–2830.
8. Zhang, G., Liu, X., Quan, Z. ChengS*. et al. Genome sequence of foxtail millet (Setaria italica)provides insights into grass evolution and biofuel potential. NatBiotechnol 30, 549–554 (2012).
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学校介绍
中国农业科学院研究生院成立于1979年，1981年经国务院批准开始实施硕士、博士学历学位教育，是我国国家级科研机构举办研究生教育的先行院所之一。作为支撑我院研究生教育的中国农业科学院成立于1957年，是农业农村部直属的综合性国家农业科研机构，是全国综合性农业科学研究的最高学术机构，是农业及农业科学技术战略咨询机构，是三农领域国家战略科技力量，担负着全国农业重大基础与应用基础研究、应用研究和高新技术技术研究的任务，致力于解决我国农业及农村经济发展中公益性、基础性、全局性、战略性、前瞻性的重大科学与技术问题。在推动农业科技创新、服务经济社会发展、培养高层次人才、促进国际交流与合作等方面发挥着重要作用。“十三五”期间，共获得国家科学技术奖36项，占全国农业领域获奖总数的26%。其中科技进步一等奖1项，自然科学二等奖2项，技术发明二等奖6项，科技进步二等奖27项；获得省部级奖励229项；发表论文近30000篇，其中SCI论文近15000篇、《NATURE》《SCIENCE》《CELL》等国际顶级学术期刊论文29篇；出版专著近1500部，通过国审品种等近1200个，获得植物新品种权397项，新兽药证书55个等。科研成果与科研实力处于行业领先地位。
中国农科院研究生教育依托中国农业科学院的国家级科研平台基地、先进科研设施设备、重大科研攻关项目、稳定的科研经费保障、前沿交叉学科集群、一流的导师队伍、广泛的国际合作机制、丰富的图书文献等各种重要资源，形成了38个研究所共同参与、“院所结合、两段式培养”这一特色鲜明的科研机构举办研究生教育的创新模式，将中国农业科学院的科研资源优势转化为学科建设、人才培养、特色办学优势，为研究生完成课程教学、开展学术研究、参与课题实践、培养创新能力提供了农业科研国家队特有的广阔舞台。
中国农业科学院深圳农业基因组研究所（以下简称“基因组所”），创建于2014年，是农业农村部，中国农科院和深圳市在科技体制改革的背景下，整合农业基因组学研究力量在深圳成立的新型研究所。
成立以来，基因组所深入贯彻落实习近平总书记“四个面向、两个一流”指示精神，开展科研自主权改革试点工作，被列为中国农科院现代院所改革的“试验田”，建设了由中国农科院与深圳市主管领导任共同理事长的理事会；组建了近800人的研究队伍；形成了以组学技术为核心、辐射农业、食品和生态方向的学科体系，获批“岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心”“农业农村部农业基因数据分析重点实验室”等创新载体；在包括 Science、Nature、Cell 等顶级期刊在内的杂志上发表SCI论文400多篇，以基因组设计育种育成国审、省审新品种30余个，农业基因组学等研究领域占据世界前沿。 2019年、2020年连续两年自然指数排名全国农业类科研院所第一名，多项成果入选“‘十三五’农业科技十大标志性成果”“中国生命科学十大进展”“中国农业科学十大进展”。先后获得“何梁何利基金”奖、“周光召基础科学奖”“深圳经济特区建立40周年创新创业和先进模范人物”“深圳市市长奖”等奖励。基因组所联合深圳市相关部门提出了“深圳国际食品谷”，规划已得到市政府印发，将构建农业食品产学研协作生态，做出科技推动农业食品产业转型升级的先行示范。
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按照国家相关规定，我院全日制与非全日制硕士研究生学费标准均为：10000元/人/年。凡我院各研究所录取的推免生均免收第一年学费，优秀推免生免收基本学制内全部学费。
我院全日制非定向硕士研究生奖助学金体系由奖学金和助学金两部分组成。奖学金包括国家奖学金、学业奖学金（100%覆盖）、研究生院单项奖学金和企业奖学金。助学金包括国家助学金、研究生院助学金、导师助研津贴、“三助”津贴和特困生补助，具体奖助学金政策可登陆中国农业科学院研究生院网站查询。
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