基因组所-Yuwen Liu导师介绍
Yuwen Liu
研究员
硕，博士生导师
男
基因组所
生物化学与分子生物学
调控元件筛选和设计的实验与计算方法开发,调控元件入手解析性状的遗传机制,结合多维度生物学数据的基因组选择,新型基因型检测技术开发
liuyuwen@caas.cn
博士招生专业
1
生物化学与分子生物学
2021
1
学术型博士
动物分子生物学与基因工程
招生信息
1
生物化学与分子生物学
2021
1
学术型硕士
动物分子生物学与基因工程
刘毓文，研究员、博士生导师，现担任动物基因组研究中心副主任。2006年于清华大学本科毕业，2014年在芝加哥大学取得发育生物学博士学位。2014年-2018年在芝加哥大学人类遗传系进行博士后研究。2019年至今在中国农科院农业基因组研究所工作。入选国家重大人才工程（青年），广东省高层次人才（青年），深圳市高层次人才，获得首届深圳市“青年五四奖章”。过往研究集中在以功能基因组为切入点解析复杂性状的遗传基础，在实验技术和算法开发上都有丰富的经验。目前研究方向是开发新的实验和计算方法，高通量定量调控元件的活性、解析调控元件活性的底层序列逻辑，以及通过优化调控元件改良生物性状。
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科研项目
1. 2021/01-2023/12，国家自然科学基金面上项目“动物体内和单细胞层面研究增强子功能性SNP效应的新方法及其应用”（31902124），58万，主持人。
2. 2020/01-2022/12， 国家自然科学基金青年基金 “猪骨骼肌增强子功能性SNP的定位及其与产肉性状的关联性分析”（32070595），24万，主持人。
3. 2020/05-2023/05，深圳市科创委面上项目“构建骨骼肌发育过程中的动态转录调控网络解析猪产肉性状的遗传机理”（JCYJ20190814163803664），30万，主持人。
4. 2020/10-2025/09，深圳市基础研究机构"组学区块链和食品溯源" (AGIS-ZDKY202007)， 1500万，主持人。
5. 2021/01-2025/12，基因组所科研启动经费， 600万，主持人
6. 2020/01-2022/12，中国农业科学院科技创新工程重大科研计划“猪高效抗病生物学基础与基因组设计育种” (CAAS-ZDRW202006), 600万，参与。
7. 2020/01-2022/12，广东省基础与应用基础研究基金项目“染色质可及性通过影响骨骼肌细胞组分调控猪肉品质的分子机制” （2019B1515120059），100万，参与。
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研究成果
以第一作者或并列第一作者，在 Genome Biology, JACS, American Journal of Human Genetics, Bioinformatics等国际知名期刊发表多篇文章，所有文章Google Scholar 总引用次数超过900次。已取得的代表性成果包括开发了高通量增强子定位和定量方法WHG-STARR-Seq，首次以高通量直接测量的方式定位了哺乳动物中全基因组层面的增强子；开发了等位基因特异性的STARR-Seq，首次高通量测定了上万GWAS关联性SNP对增强子功能的影响；开发了检测5-羟基甲基胞嘧啶（5hmC）的新方法Jump-Seq, 该甲基化修饰被认为和增强子活性相关。开发了统计算法TADA-Annotation，首次将增强子和DNA变异的整合分析从遗传性突变拓展到新生突变，为研究DNA变异如何通过影响调控元件来影响生物性状带来了新的思路。开发的新型基因型检测和基因组选择方法平台获得首届广东省种业科创大比武总决赛十强。
发表SCI论文:
1) Lulu Hu#，Yuwen Liu#， Shengtong Han#，Lei Yang#，Xiaolong Cui，Yawei Gao，Qing Dai，Xingyu Lu，Xiaochen Kou，Yanhong Zhao，Wenhui Sheng，Shaorong Gao，Xin He*，Chuan He*.Jump-seq: Genome-Wide Capture and Amplification of 5Hydroxymethylcytosine Sites. Journal of the American Chemical Society.2019.141(22).8694-8697.
2) Yuwen Liu#, Yanyu Liang, A Ercument Cicek, Zhongshan Li, Jinchen Li, Rebecca A Muhle, Martina Krenzer, Yue Mei, Yan Wang, Nicholas Knoblauch, Jean Morrison, Siming Zhao, Yi Jiang, Evan Geller, Iuliana Ionita-Laza, Jinyu Wu, Kun Xia, James P Noonan, Zhong Sheng Sun*, Xin He*.A statistical framework for mapping risk genes from de novo mutations in whole-genome-sequencing studies.The American Journal of Human Genetics.2018. 102(6).1031-1047.
3) Yuwen Liu#, Shan Yu#, Vineet K Dhiman#, Tonya Brunetti, Heather Eckart*, Kevin P White*.Functional assessment of human enhancer activities using whole-genome STARR-sequencing.Genome biology.2017.18(1).219.
4) Song Liu#, Yuwen Liu#, Qin Zhang, Jiayu Wu, Junbo Liang, Shan Yu, Gong-Hong Wei, Kevin P White*, Xiaoyue Wang*.Systematic identification of regulatory variants associated with cancer risk.Genome biology.2017.18(1).194.
5) Yuwen Liu#, Jie Zhou, Kevin P White*.RNA-seq differential expression studies: more sequence or more replication? Bioinformatics.2013.30(3).301-304.
6) Siming Zhao#, Jun Liu, Pranav Nanga, Yuwen Liu, A. Ercument Cicek, Nicholas Knoblauch, Chuan He, Matthew Stephens*，Xin He*.Detailed modeling of positive selection improves detection of cancer driver genes.Nature Communications.2019, 10(1).3399.
7) Yingzheng Wang#, Mingjun Liu, Jiyang Zhang, Yuwen Liu, Megan Kopp, Weiwei Zheng, Shuo Xiao*.Multidrug Resistance Protein 1 Deficiency Promotes Doxorubicin-Induced Ovarian Toxicity in Female Mice Toxiocological Sciences.2018.163(1).279-292.
8) Kittler R, Zhou J, Hua S, Ma L, Liu Y, Pendleton E, Cheng C, Gerstein M, White KP.A Comprehensive Nuclear Receptor Network for Breast Cancer Cells Cell Reports 2013, 3(2):538-51.
9) Jun Li , Guangjin Pan, Kai Cui, Yuwen Liu, Shaobin Xu, Duanqing Pei.A Dominant-negative Form of Mouse SOX2 Induces Trophectoderm Differentiation and Progressive Polyploidy in Mouse Embryonic Stem Cells.The Journal of Biological Chemistry.2007. 282(27).19481-92.
10) Donna M Werling#, Harrison Brand, Joon-Yong An, Matthew R Stone, Lingxue Zhu, Joseph Glessner, Ryan L Collins, Shan Dong, Ryan M Layer, Eirene Markenscoff-Papadimitriou, Andrew Farrell, Grace B Schwartz, Harold Z Wang, Benjamin B Currall, Xuefang Zhao, Jeanselle Dea, Clif Duhn, Carolyn A Erdman, Michael C Gilson, Rachita Yadav, Robert E Handsaker, Seva Kashin, Lambertus Klei, Jeffrey D Mandell, Tomasz J Nowakowski, Yuwen Liu, Sirisha Pochareddy, Louw Smith, Michael F Walker, Matthew J Waterman, Xin He, Arnold R Kriegstein, John L Rubenstein, Nenad Sestan, Steven A McCarroll, Benjamin M Neale, Hilary Coon, A Jeremy Willsey, Joseph D Buxbaum, Mark J Daly, Matthew W State, Aaron R Quinlan, Gabor T Marth, Kathryn Roeder, Bernie Devlin*, Michael E Talkowski*, Stephan J Sanders*.An analytical framework for whole-genome sequence association studies and its implications for autism spectrum disorder.Nature Genetics.2018.50(5).727.
11) Xinxin Ke#, Alesia Walker, Sven-Bastiaan Haange, Ilias Lagkouvardos, Yuwen Liu, Philippe Schmitt-Kopplin, Martinvon Bergen, Nico Jehmlich, Xin He, Thomas Clavel, Peter C.K. Cheung*.Synbiotic-driven improvement of metabolic disturbances is associated with changes in the gut microbiome in diet-induced obese mice.Molecular Metabolism.2019.22.96-109.
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学校介绍
中国农业科学院研究生院成立于1979年，1981年经国务院批准开始实施硕士、博士学历学位教育，是我国国家级科研机构举办研究生教育的先行院所之一。作为支撑我院研究生教育的中国农业科学院成立于1957年，是农业农村部直属的综合性国家农业科研机构，是全国综合性农业科学研究的最高学术机构，是农业及农业科学技术战略咨询机构，是三农领域国家战略科技力量，担负着全国农业重大基础与应用基础研究、应用研究和高新技术技术研究的任务，致力于解决我国农业及农村经济发展中公益性、基础性、全局性、战略性、前瞻性的重大科学与技术问题。在推动农业科技创新、服务经济社会发展、培养高层次人才、促进国际交流与合作等方面发挥着重要作用。“十三五”期间，共获得国家科学技术奖36项，占全国农业领域获奖总数的26%。其中科技进步一等奖1项，自然科学二等奖2项，技术发明二等奖6项，科技进步二等奖27项；获得省部级奖励229项；发表论文近30000篇，其中SCI论文近15000篇、《NATURE》《SCIENCE》《CELL》等国际顶级学术期刊论文29篇；出版专著近1500部，通过国审品种等近1200个，获得植物新品种权397项，新兽药证书55个等。科研成果与科研实力处于行业领先地位。
中国农科院研究生教育依托中国农业科学院的国家级科研平台基地、先进科研设施设备、重大科研攻关项目、稳定的科研经费保障、前沿交叉学科集群、一流的导师队伍、广泛的国际合作机制、丰富的图书文献等各种重要资源，形成了38个研究所共同参与、“院所结合、两段式培养”这一特色鲜明的科研机构举办研究生教育的创新模式，将中国农业科学院的科研资源优势转化为学科建设、人才培养、特色办学优势，为研究生完成课程教学、开展学术研究、参与课题实践、培养创新能力提供了农业科研国家队特有的广阔舞台。
中国农业科学院深圳农业基因组研究所（以下简称“基因组所”），创建于2014年，是农业农村部，中国农科院和深圳市在科技体制改革的背景下，整合农业基因组学研究力量在深圳成立的新型研究所。
成立以来，基因组所深入贯彻落实习近平总书记“四个面向、两个一流”指示精神，开展科研自主权改革试点工作，被列为中国农科院现代院所改革的“试验田”，建设了由中国农科院与深圳市主管领导任共同理事长的理事会；组建了近800人的研究队伍；形成了以组学技术为核心、辐射农业、食品和生态方向的学科体系，获批“岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心”“农业农村部农业基因数据分析重点实验室”等创新载体；在包括 Science、Nature、Cell 等顶级期刊在内的杂志上发表SCI论文400多篇，以基因组设计育种育成国审、省审新品种30余个，农业基因组学等研究领域占据世界前沿。 2019年、2020年连续两年自然指数排名全国农业类科研院所第一名，多项成果入选“‘十三五’农业科技十大标志性成果”“中国生命科学十大进展”“中国农业科学十大进展”。先后获得“何梁何利基金”奖、“周光召基础科学奖”“深圳经济特区建立40周年创新创业和先进模范人物”“深圳市市长奖”等奖励。基因组所联合深圳市相关部门提出了“深圳国际食品谷”，规划已得到市政府印发，将构建农业食品产学研协作生态，做出科技推动农业食品产业转型升级的先行示范。
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按照国家相关规定，我院全日制与非全日制硕士研究生学费标准均为：10000元/人/年。凡我院各研究所录取的推免生均免收第一年学费，优秀推免生免收基本学制内全部学费。
我院全日制非定向硕士研究生奖助学金体系由奖学金和助学金两部分组成。奖学金包括国家奖学金、学业奖学金（100%覆盖）、研究生院单项奖学金和企业奖学金。助学金包括国家助学金、研究生院助学金、导师助研津贴、“三助”津贴和特困生补助，具体奖助学金政策可登陆中国农业科学院研究生院网站查询。
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