基因组所-林强导师介绍

更新于 2021-10-29 导师主页
林强 副研究员 硕士生导师
男
基因组所
★生物信息学 ,农艺与种业
植物基因组的自动化注释,基因组学应用
linqiang@caas.cn

硕士招生专业

1
农艺与种业
2022
1
专业学位硕士
作物科学

  1. 2002-09至2006-07, 吉林大学, 生命科学学院, 制药工程专业, 学士
  2. 2006-09至2011-07, 中国科学院北京基因组研究所, 基因组学, 博士
  3. 2010-04至2016-06, 沙特阿卜杜勒阿齐兹国王科技城, 联合基因组研究中心, 研究科学家
  4. 2011-09至2014-01, 中国科学院北京基因组研究所, 中国科学院基因组科学与信息重点实验室, 助理研究员
  5. 2014-01至2019-01, 中国科学院北京基因组研究所, 中国科学院基因组科学与信息重点实验室, 副研究员
  6. 2019-01至现在, 中国农业科学院农业基因组研究所, 组学技术研究中心, 副研究员


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科研项目

1）建立植物基因组的量化性注释流程，开发组学数据应用的新方法与新技术。

2）深度挖掘油料作物特有经济性状的形成分子机制。参与海南黎族特色植物基因组、橡胶基因组、芝麻基因组、昆虫基因组等合作项目

3）与临床检验科合作应用性panel、流程及检测工具。


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研究成果

1.  Jianjun Lu, Cheng Pan, Wei Fan, Wanfei Liu, Huayan Zhao, Donghai Li,Sen Wang, Lianlian Hu, Bing He, Kun Qian, Rui Qin, Jue Ruan, Qiang Lin*, Shiyou Lü*, Peng Cui*. AChromosome-level Assembly of A Wild Castor Genome Provides New Insights intothe Adaptive Evolution in A Tropical Desert, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2021 Jul30;S1672-0229(21)00162-5

2.  Xing Shi*, Zhancheng Gao*, Qiang Lin, Liping Zhao, Qin Ma, YuKang, Jun Yu. Meta-analysis Reveals Potential Influence of Oxidative Stress onthe Airway Microbiomes of Cystic Fibrosis Patients. Genomics Proteomics &Bioinformatics.2020

3. Xupo Ding*; Wenli Mei*; QiangLin*; Hao Wang; Jun Wang; Shiqing Peng; Huiliang Li; Jiahong Zhu; Wei Li;Pei Wang; Huiqin Chen; Wenhua Dong; Dong Guo; Caihong Cai; Shengzhuo Huang;Peng Cui#; Haofu Dai#; Genome sequence of the agarwood tree Aquilaria sinensis(Lour.) Spreng: the first chromosome-level draft genome in the Thymelaeceaefamily, GigaScience, 2020, 9(13), giaa013

4. Wei Fan, Jianjun Lu, Cheng Pan, Meilian Tan, Qiang Lin, Wanfei Liu, Donghai Li, Lijun Wang, Lianlian Hu, LeiWang, Chen Chen, Aimin Wu, Xinxin Yu, Jue Ruan, Jun Yu, Songnian Hu, XingchuYan, Shiyou Lü & Peng Cui. Sequencing of Chinese castor lines revealsgenetic signatures of selection and yield-associated loci. Nature Communication. 2019.10.3418

5. Muhammad Ramzan Manwar, Changjun Shao, Xing Shi, Jian Wang, Qiang Lin, Yigang Tong, Yu Kang. Thebacterial RNA ligase RtcB accelerates the repair process of fragmented rRNAupon releasing the antibiotic stress. Science China Life Sciences. 2020,64(2):251-258

6.  Wanfei Liu*, Shuangyang Wu*, Qiang Lin*, Shenghan Gao, XiaoweiZhang, Hasan Awad Aljohi, Jun Yu#, Songnian Hu#. RGAAT - Reference based genomeassembly and annotation tool for new genome and known genome upgrade. GenomicsProteomics & Bioinformatics. 2018, 16(5), 373-381

7. Cui Peng*, Qiang Lin*, Fang D*… Songnian Hu#,Shiyou Lv#. Tung tree (Vernicia fordii, Hemsl.) genome and transcriptomesequencing reveals coordinate upregulation of fatty acid beta-oxidation andtriacylglycerol biosynthesis pathways during eleostearic acid accumulation inseeds. Plant and Cell Physiology.2018

8.  Wu Shuangyang , Liu Wanfei , Aljohi Hasan Awad , Alromaih Sarah A. ,Alanazi Ibrahim O. , Lin Qiang# , Yu Jun#, and HuSongnian#. REDO: RNA Editing Detection in Plant Organelles Based on VariantCalling Results. Journal of Computational Biology. 2018. May;25(5)

9.  Zilong He, Chengwei Zhang, Wanfei Liu, Qiang Lin, Ting Wei,Hasan Awad Aljohi, Wei-hua Chen, Songnian Hu. DRDB: An online date palm genomicresource database. Frontiers Plant Science.2017.11

10. Hasan Awad Aljohi*, Wanfei Liu*, Qiang Lin*, Jun Yu# andSongnian Hu#. ISVASE: identification of sequence variant associated withsplicing event using RNA- seq data. BMC Bioinformatics.2017 18:320

11. Hasan Awad Aljohi*, Wanfei Liu*, Qiang Lin*...SongnianHu#, Jun Yu#. Complete Sequence and Comparative Analysis of the MitochondrialGenome of Coconut Palm (Cocos nucifera). PLoS One. 2016.11 (10)

12. Xin Chengqi*, Liu Wanfei*, Lin Qiang*...Yu Jun. ProfilingmicroRNA expression during multi-staged date palm (Phoenix dactylifera L.)fruit development. Genomics. 2015 Apr;105(4):242-51

13. Chaorong Tang, Meng Yang, Yongjun Fang, Yingfeng Luo, ShenghanGao...Qiang Lin... Jun Yu, Songnian Hu, and Huasun Huang. The rubbertree genome reveals new insights into rubber production and species adaptation.NaturePlant. 2016, 2(6)

14. Wei Xu*, Chengqi Xin*, Qiang Lin*, …, Songnian Hu. AdolescentMouse Takes on An Active Transcriptomic Expression During Postnatal CerebralDevelopment. Genomics Proteomics & Bioinformatics 12(2014) 111-119

15. Yadong Yang, …,Qiang Lin, …. Transcriptome Dynamicsduring Human Erythroid Differentiation and Development. Genomics. 10/2013;102(5):231-41.

16. Ibrahim S. Al-Mssallem*, Songnian Hu*, Xiaowei Zhang*, QiangLin*, Wanfei Liu*, Jun Tan*,… , Jun Yu. Genome Sequences and GeneticVariations of Date Palm (Phoenix dactylifera L.). Nature Communication.08/2013; 4:2274

17. Wei Gong, Linlin Pan, Qiang Lin,..., Jun Yu. Transcriptomeprofiling of the developing postnatal mouse testis using next-generationsequencing. Science China Life sciences. 12/2012

18. Guangyu Zhang, …,Qiang Lin, …, Jun Yu. Large-scalecollection and annotation of gene models for date palm (Phoenix dactylifera,L.). Plantmolecular biology. 06/2012; 79(6):521-36

19. Peng Cui, …, Qiang Lin, …, Jun Yu. Theassociation between H3K4me3 and antisense transcription. Genomics, proteomics &bioinformatics. 04/2012; 10(2):74-81.

20. Peng Cui, Wanfei Liu, Yuhui Zhao, Qiang Lin, …, Jun Yu,Songnian Hu. Comparative analyses of H3K4 and H3K27 trimethylations between themouse cerebrum and testis. Genomics, proteomics & bioinformatics.04/2012; 10(2):82-93

21. Qiang Lin*, Peng Cui*, Feng Ding,Songnian Hu, Jun Yu. Replication-Associated Mutational Pressure (RMP) GovernsStrand-Biased Compositional Asymmetry (SCA) and Gene Organization in AnimalMitochondrial Genomes. Current Genomics. 03/2012;13(1):28-36.

22. Peng Cui*, Qiang Lin*, Feng Ding*, Songnian Hu,Jun Yu. The transcript-centric mutations in human genomes. Genomics, proteomics &bioinformatics. 02/2012; 10(1):11-22.

23. Peng Cui*, Feng Ding*, Qiang Lin*, Lingfang Zhang, Ang Li,Zhang Zhang, Songnian Hu, Jun Yu. Distinct contributions of replication andtranscription to mutation rate variation of human genomes. Genomics, proteomics &bioinformatics. 02/2012; 10(1):4-10.

24. Guohua Song, Qiang Lin, Wenbin Yue, Tianfu Liu,Songnian Hu. Sequence analysis of the complete mitochondrial genome andmolecular evolution of Cricetulus griseus. Acta Laboratorium Animalis Scientia Sinica.2012;(1):70~75

25. Huitao Liu, Peng Cui, Kehui Zhan, Qiang Lin, …, Jun Yu,Aimin Zhang. Comparative analysis of mitochondrial genomes between a wheatK-type cytoplasmic male sterility (CMS) line and its maintainer line. BMCgenomics. 03/2011; 12:163

26. Wanfei Liu, Yuhui Zhao, Peng Cui, Qiang Lin, …, Jun Yu,Songnian Hu. Thousands of Novel Transcripts Identified in Mouse Cerebrum,Testis, and ES Cells Based on ribo-minus RNA Sequencing. Frontiers in genetics.01/2011; 2:93.

27. Peng Cui*, Qiang Lin*, …, Jun Yu. Thedisequilibrium of nucleosomes distribution along chromosomes plays a functionaland evolutionarily role in regulating gene expression. PloS One. 01/2011;6(8):e23219

28. Peng Cui*, Qiang Lin*, Feng Ding*, …, Jun Yu. Acomparison between ribo-minus RNA-sequencing and polyA-selected RNA-sequencing.Genomics.11/2010; 96(5):259-65.

29. Peng Cui*, Qiang Lin*, Chengqi Xin*,…, Jun Yu.Hydroxyurea-induced global transcriptional suppression in mouse ES cells. Carcinogenesis.09/2010; 31(9):1661-8.

30. Peng Cui, Huitao Liu, Qiang Lin, …, Jun Yu. A completemitochondrial genome of wheat (Triticumaestivum cv. Chinese Yumai), and fastevolving mitochondrial genes in higher plants. Journal of genetics.12/2009; 88(3):299-307

31. Peng Cui*, Lingfang Zhang*, Qiang Lin*, …, Jun Yu. A novelmechanism of epigenetic regulation: nucleosome-space occupancy. Biochemicaland biophysical research communications. 11/2009; 391(1):884-9


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学校介绍

中国农业科学院研究生院成立于1979年，1981年经国务院批准开始实施硕士、博士学历学位教育，是我国国家级科研机构举办研究生教育的先行院所之一。作为支撑我院研究生教育的中国农业科学院成立于1957年，是农业农村部直属的综合性国家农业科研机构，是全国综合性农业科学研究的最高学术机构，是农业及农业科学技术战略咨询机构，是三农领域国家战略科技力量，担负着全国农业重大基础与应用基础研究、应用研究和高新技术技术研究的任务，致力于解决我国农业及农村经济发展中公益性、基础性、全局性、战略性、前瞻性的重大科学与技术问题。在推动农业科技创新、服务经济社会发展、培养高层次人才、促进国际交流与合作等方面发挥着重要作用。“十三五”期间，共获得国家科学技术奖36项，占全国农业领域获奖总数的26%。其中科技进步一等奖1项，自然科学二等奖2项，技术发明二等奖6项，科技进步二等奖27项；获得省部级奖励229项；发表论文近30000篇，其中SCI论文近15000篇、《NATURE》《SCIENCE》《CELL》等国际顶级学术期刊论文29篇；出版专著近1500部，通过国审品种等近1200个，获得植物新品种权397项，新兽药证书55个等。科研成果与科研实力处于行业领先地位。

中国农科院研究生教育依托中国农业科学院的国家级科研平台基地、先进科研设施设备、重大科研攻关项目、稳定的科研经费保障、前沿交叉学科集群、一流的导师队伍、广泛的国际合作机制、丰富的图书文献等各种重要资源，形成了38个研究所共同参与、“院所结合、两段式培养”这一特色鲜明的科研机构举办研究生教育的创新模式，将中国农业科学院的科研资源优势转化为学科建设、人才培养、特色办学优势，为研究生完成课程教学、开展学术研究、参与课题实践、培养创新能力提供了农业科研国家队特有的广阔舞台。

中国农业科学院深圳农业基因组研究所（以下简称“基因组所”），创建于2014年，是农业农村部，中国农科院和深圳市在科技体制改革的背景下，整合农业基因组学研究力量在深圳成立的新型研究所。

　　成立以来，基因组所深入贯彻落实习近平总书记“四个面向、两个一流”指示精神，开展科研自主权改革试点工作，被列为中国农科院现代院所改革的“试验田”，建设了由中国农科院与深圳市主管领导任共同理事长的理事会；组建了近800人的研究队伍；形成了以组学技术为核心、辐射农业、食品和生态方向的学科体系，获批“岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心”“农业农村部农业基因数据分析重点实验室”等创新载体；在包括 Science、Nature、Cell 等顶级期刊在内的杂志上发表SCI论文400多篇，以基因组设计育种育成国审、省审新品种30余个，农业基因组学等研究领域占据世界前沿。 2019年、2020年连续两年自然指数排名全国农业类科研院所第一名，多项成果入选“‘十三五’农业科技十大标志性成果”“中国生命科学十大进展”“中国农业科学十大进展”。先后获得“何梁何利基金”奖、“周光召基础科学奖”“深圳经济特区建立40周年创新创业和先进模范人物”“深圳市市长奖”等奖励。基因组所联合深圳市相关部门提出了“深圳国际食品谷”，规划已得到市政府印发，将构建农业食品产学研协作生态，做出科技推动农业食品产业转型升级的先行示范。

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按照国家相关规定，我院全日制与非全日制硕士研究生学费标准均为：8000元/人/年。凡我院各研究所录取的推免生均免收第一年学费，优秀推免生免收基本学制内全部学费。

　　我院全日制非定向硕士研究生奖助学金体系由奖学金和助学金两部分组成。奖学金包括国家奖学金、学业奖学金（100%覆盖）、研究生院单项奖学金和企业奖学金。助学金包括国家助学金、研究生院助学金、导师助研津贴、“三助”津贴和特困生补助，具体奖助学金政策可登陆中国农业科学院研究生院网站查询。


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