团队研究方向:

量化性植物基因组注释框架开发，并以油料相关作物基因组为主要应用方向。课题组目前致力于植物组学分析工具的研发，主要涉及基于机器学习的植物基因组重头注释、公共数据的清洗及整合、注释流程的优化、数据库构建等。此外，我们开展油料相关作物的基因组研究（包括包括油桐树、蓖麻、芝麻、向日葵等），涉及基因组参考序列构建及群体重测序等内容，挖掘农艺或物种遗传特征标记，为分子育种提供理论基础。课题组湿实验平台的主要方向为多种微量或单细胞NGS文库的构建及优化。

1.2019-2020，深圳市自然科学基金，20190806165056722，系统研究SR蛋白对植物基因可变剪接和抗盐的调控机制，深圳市

2. 2019-2023，新一代害虫绿色防控创新团队 ，KQTD20180411143628272，孔雀团队，新一代害虫绿色防控创新团队

3.2019-2024，国家重点研发项目，2018YFA0901801，合成植物天然产物关键酶在微生物中的催化分子机制，国家级

4.2020-2021 ，芝麻优异基因资源挖掘合作协议，横向课题

5.2020-2021，基本科研，Y2020PT25，基于多组学大数据的基因组功能元件解析，国家级

6.2020-2023，广东省人才计划，2019TQ05N120，广东省特支计划青年拔尖人才，广东省

7.2021-2024 ，国家自然科学基金，3207151175，蓖麻油酸含量的分子遗传机制研究，国家级

1.2019-2020，深圳市自然科学基金，20190806165056722，系统研究SR蛋白对植物基因可变剪接和抗盐的调控机制，深圳市

2. 2019-2023，新一代害虫绿色防控创新团队 ，KQTD20180411143628272，孔雀团队，新一代害虫绿色防控创新团队

3.2019-2024，国家重点研发项目，2018YFA0901801，合成植物天然产物关键酶在微生物中的催化分子机制，国家级

4.2020-2021 ，芝麻优异基因资源挖掘合作协议，横向课题

5.2020-2021，基本科研，Y2020PT25，基于多组学大数据的基因组功能元件解析，国家级

6.2020-2023，广东省人才计划，2019TQ05N120，广东省特支计划青年拔尖人才，广东省

7.2021-2024 ，国家自然科学基金，3207151175，蓖麻油酸含量的分子遗传机制研究，国家级

代表性论文

1.、 Peng Cui，Qiang L, Fang D , et al. Tung Tree (Vernicia fordii, Hemsl.) Genome and TranscriptomeSequencing Reveals Co-Ordinate Up-Regulation of Fatty Acid β-Oxidationand Triacylglycerol Biosynthesis Pathways During Eleostearic Acid Accumulationin Seeds[J]. Plant and Cell Physiology, 2018(10):10.

2. Wei Fan , Jianjun Lu , Cheng Pan , Meilian Tan , Qiang Lin , Wanfei Liu , Donghai Li , Lijun Wang , Lianlian Hu , Lei Wang, Chen Chen , Aimin Wu , Xinxin Yu , Jue Ruan , Jun Yu , Songnian Hu , Xingchu Yan , Shiyou Lü , Peng Cui ，Sequencingof Chinese castor lines reveals genetic signatures of selection andyield-associated loci[J]. Nature Communications, 2019, 10(1):3418

3. Xupo Ding , Wenli Mei , Qiang Lin , Hao Wang, Jun Wang , Shiqing Peng , Huiliang Li , Jiahong Zhu , Wei Li , Pei Wang , Huiqin Chen , Wenhua Dong , Dong Guo , Caihong Cai , ShengzhuoHuang , Peng Cui 2, Haofu Dai ，Genome sequence of the agarwood treeAquilaria sinensis (Lour.) Spreng: the first chromosome-level draft genome inthe Thymelaeceae family[J]. GigaScience, 2020(3):3

4. BingHe，HailinLiu，XinHan，PengCui，Li-anXu，Multi-omicsanalysis of Ginkgo biloba preliminarily reveals the co-regulatory mechanismbetween stilbenes and flavonoids [J].Industrial Crops and Products, 167.

5.Jianjun Lu，Pan Cheng，Wei Fan，Wanfei Liu，Peng Cui，A Chromosome-levelAssembly of a Wild Castor Genome Provides New Insights into Adaptive Evolutionin a Tropical Desert. 2020.

代表性论著

1. Ding X, Mei W, Lin Q, Wang H, Wang J,Peng S, Li H, Zhu J, Li W, Wang P, Chen H, Dong W, Guo D, Cai C, Huang S, CuiP, Dai H. Genome sequence of the agarwood tree Aquilaria sinensis (Lour.)Spreng: the first chromosome-level draft genome in the Thymelaeceae family. Gigascience.2020 Mar 1;9(3)2. Fan W, Lu J, 2.Pan C, Tan M, Lin Q, Liu W, Li D, Wang L, HuL, Wang L, Chen C, Wu A, Yu X, Ruan J, Yu J, Hu S, Yan X, Lü S, Cui P.Sequencing of Chinese castor lines reveals genetic signatures of selection andyield-associated loci. Nature Communications. 2019 Jul31;10(1):3418.

3.Cui P, Lin Q, Fang D, Zhang L, LiR, Cheng J, et al. Tung Tree (Vernicia fordii, Hemsl.) Genome and TranscriptomeSequencing Reveals Co-Ordinate Up-Regulation of Fatty Acid beta-Oxidation andTriacylglycerol Biosynthesis Pathways During Eleostearic Acid Accumulation inSeeds. Plant Cell Physiology. 2018;59(10):1990-2003.

4.Wu Z#, Fang D#, Yang R#, Gao F, An X, Zhuo X, Li Y, Yi C, Zhang T, Liang C, CuiP*, Cheng Z*, et al. De novo genome assembly of Oryza granulata revealsrapid genome expansion and adaptive evolution. Communications Biology2018;1

专利情况

1带有分子条码的平衡接头及快速构建转录组文库的方法，发明专利，202010657691.8，国家知识产权局，2021.9.3