主要研究基于生物大数据、人工智能、序列及结构模拟等方法解析与基因高效表达以及其稳定性相关的分子特征,并对目标基因进行智能分子设计提高其应用性能。近年来主持国家自然科学基金2项,参与研究课题8项(“863”项目3项,国家自然科学基金5项)。发表研究论文39篇,其中SCI收录论文30篇,授权中国发明专利8项。
2019/4-2024/3 | 生物技术研究所“青年英才计划”培育工程 |
2019/8-2022/8 | 蛋白质分子改良企业委托研究项目 |
2014/01-2017/12 | 国家自然科学基金面上项目:α-淀粉酶耐热嗜酸的分子机制及功能改造 |
[1] Meng, Xiangxi, Yang, Lixin, Liu, Hanqing, Li, Qingbin, Xu, Guoshun, Zhang, Yan, Guan, Feifei, Zhang, Yuhong, Zhang, Wei, Wu, Ningfeng* and Tian, Jian*. (2021) Protein engineering of stable IsPETase for PET plastic degradation by Premuse. Int J Biol Macromol, 180, 667-676.
[2] Yu, Xiaoxia, Zhao, Jintong, Liu, Xiaoqing, Sun, L., Tian, Jian* and Wu, Ningfeng* (2021) Cadmium Pollution Impact on the Bacterial Community Structure of Arable Soil and the Isolation of the Cadmium Resistant Bacteria. Front Microbiol, 12, 698834.
[3] Wang, Yifan, Zhang, Pingxian, Guo, Weijun, Liu, Hanqing, Li, Xiulan, Zhang, Qian, Du, Z., Hu, G., Han, Xiao, Pu, Li*, Tian, Jian*. and Gu, Xiaofeng*. (2021) A deep learning approach to automate whole-genome prediction of diverse epigenomic modifications in plants. New Phytol, 232, 880-897.
[4] Guan, Feiei#, Han, Yanshuo#, Yan, Kai, Zhang, Yan, Zhang, Zhifang, Wu, Ningfeng* and Tian, Jian* (2020) Highly efficient production of chitooligosaccharides by enzymes mined directly from the marine metagenome. Carbohydr Polym, 234, 115909.
[5] Zhang, Pingxian#, Wang, Yifan#, Chachar, S., Tian, Jian* and Gu, Xiaofeng* (2020) eRice: a refined epigenomic platform for japonica and indica rice. Plant biotechnology journal, 18, 1642-1644.
[6] Han, Yanshuo#, Guan, Feifei#, Sun, Jilu, Wu, Ningfeng* and Tian, Jian* (2020) Identification of a chitosanase from the marine metagenome and its molecular improvement based on evolution data. Appl Microbiol Biotechnol, 104, 6647-6657.
[7] Li, Qingbin#, Yan, Yaru#, Liu, Xiaoqing, Zhang, Ziding*, Tian, Jian* and Wu, Ningfeng (2020) Enhancing thermostability of a psychrophilic alpha-amylase by the structural energy optimization in the trajectories of molecular dynamics simulations. Int J Biol Macromol, 142, 624-633.
[8] Yu, Xiaoxia, Ding, Zundan, Ji, Yangyang, Zhao, Jintong, Liu, Xiaoqing, Tian, Jian*, Wu, Ningfeng* and Fan, Yunliu (2020) An operon consisting of a P-type ATPase gene and a transcriptional regulator gene responsible for cadmium resistances in Bacillus vietamensis 151-6 and Bacillus marisflavi 151-25. BMC Microbiol, 20, 18.
[9] Qin, Weitong#, Zhao, Jintong#, Yu, Xiaoxia, Liu, Xiaoqing, Chu, Xiaoyu, Tian, Jian* and Wu, Ningfeng (2019) Improving Cadmium Resistance in Escherichia coli Through Continuous Genome Evolution. Front Microbiol, 10, 278.
[10] Tian, Jian#, Li, Qingbin#, Chu, Xiaoyu and Wu, Ningfeng (2018) Presyncodon, a Web Server for Gene Design with the Evolutionary Information of the Expression Hosts. Int J Mol Sci, 19, 3872.
[11] Yu, Xiaoxia, Wei, Shuai, Yang, Yunxia, Ding, Zundan, Wang, Qian, Zhao, Jintong, Liu, Xiaoqing, Chu, Xiaoyu, Tian, Jian*, Wu, Ningfeng*, Fan, Yunliu (2018) Identification of cadmium-binding proteins from rice (Oryza sativa L.). Int J Biol Macromol, 119, 597-603.
[12] Qin, Weitong, Liu, Xiaoqing, Yu, Xiaoxia, Chu, Xiaoyu, Tian, Jian* and Wu, Ningfeng (2017) Identification of cadmium resistance and adsorption gene from Escherichia coli BL21 (DE3). RSC Advances, 7, 51460-51465.
[13] Tian, Jian, Yan, Yaru, Yue, Qingxia, Liu, Xiaoqing, Chu, Xiaoyu, Wu, Ningfeng* and Fan, Yunliu (2017) Predicting synonymous codon usage and optimizing the heterologous gene for expression in E. coli. Scientific reports, 7, 9926.
[14] Yu, Xiaoxia, Xu, Jiangtao, Liu, Xiaoqing, Chu, Xiaoyu, Wang, Ping, Tian, Jian*, Wu, Ningfeng*, Fan, Yunliu: Identification of a highly efficient stationary phase promoter in Bacillus subtilis. Scientific reports 2015, 5:18405.
[15] Tian, Jian#,Woodard, Jaie#,Whitney, Anna,Shakhnovich, Eugene(*),Thermal Stabilization of Dihydrofolate Reductaseusing Monte Carlo Unfolding Simulations and its Functional Consequences,PLoS Computational Biology, 2015, 2015, 11(4):e1004207.
[16] Tian, Jian, Wang, Ping, Huang, Lu, Chu, Xiaoyu, Wu, Ningfeng* and Fan, Yunliu (2013) Improving the thermostability of methyl parathion hydrolase from Ochrobactrum sp. M231 using a computationally aided method. Appl Microbiol Biotechnol, 97, 2997-3006.
[17] Tian, Jian, Wu, Ningfeng*, Chu, Xiaoyu, Fan, Yunliu: Predicting changes in protein thermostability brought about by single- or multi-site mutations. BMC bioinformatics 2010, 11.
[18] Tian, Jian, Wang, Ping, Gao, Shan, Chu, Xiaoyu, Wu, Ningfeng, Fan, Yunliu: Enhanced thermostability of methyl parathion hydrolase from Ochrobactrum sp. M231 by rationally engineering a glycine to proline mutation. FEBS Journal 2010, 277:4901-4908.
[19] Shi, Pengjun#, Tian, Jian#, Yuan, Tiezheng, et al: Paenibacillus sp. strain E18 bifunctional xylanase-glucanase with a single catalytic domain. Applied and environmental microbiology 2010, 76(11):3620-3624.
[20] Tian, Jian, Wu, Ningfeng*, Guo, Xuexia, Guo, Jun, Zhang, Junhua, Fan, Yunliu: Predicting the phenotypic effects of non-synonymous single nucleotide polymorphisms based on support vector machines. BMC bioinformatics 2007, 8:450.
[21] Tian, Jian, Wu, Ningfeng*, Li, Jiang, Liu, Yajie, Guo, Jun, Yao, Bin, Fan, Yunliu: Nickel-resistant determinant from Leptospirillum ferriphilum. Applied and environmental microbiology 2007, 73(7):2364-2368.
授权专利和软件著作权:(仅列出了已授权的第一发明人的专利)
[1] 一种启动子和重组表达载体及其用途和表达外源蛋白的方法(专利号:ZL201510149449.9) 2018年获国家发明专利授权。
[2] 多策略叠加提高甲基对硫磷水解酶在毕赤酵母中分泌表达量的方法(专利号:ZL201510107100.9)2017年获国家发明专利授权。
[3] 玉米组织特异性启动子及其应用(专利号:ZL201410429204.7),2017年获国家发明专利授权。
[4] 基于密码子关联分析的密码子优化系统V1.0,登记号:2016SR103338。
[5] 细胞色素结合结构域蛋白作为助分泌因子提高外源基因在毕赤酵母中分泌表达量的用途(申请号 201210469485.X),2014年获国家发明专利授权。
[6] 转植酸酶玉米的用途和制备液化液和糖化液及发酵产品的方法(申请号201210415196.1),2014年获国家发明专利授权。
中国农业科学院研究生院成立于1979年,1981年经国务院批准开始实施硕士、博士学历学位教育,是我国国家级科研机构举办研究生教育的先行院所之一。作为支撑我院研究生教育的中国农业科学院成立于1957年,是农业农村部直属的综合性国家农业科研机构,是全国综合性农业科学研究的最高学术机构,是农业及农业科学技术战略咨询机构,是三农领域国家战略科技力量,担负着全国农业重大基础与应用基础研究、应用研究和高新技术技术研究的任务,致力于解决我国农业及农村经济发展中公益性、基础性、全局性、战略性、前瞻性的重大科学与技术问题。在推动农业科技创新、服务经济社会发展、培养高层次人才、促进国际交流与合作等方面发挥着重要作用。“十三五”期间,共获得国家科学技术奖36项,占全国农业领域获奖总数的26%。其中科技进步一等奖1项,自然科学二等奖2项,技术发明二等奖6项,科技进步二等奖27项;获得省部级奖励229项;发表论文近30000篇,其中SCI论文近15000篇、《NATURE》《SCIENCE》《CELL》等国际顶级学术期刊论文29篇;出版专著近1500部,通过国审品种等近1200个,获得植物新品种权397项,新兽药证书55个等。科研成果与科研实力处于行业领先地位。
中国农科院研究生教育依托中国农业科学院的国家级科研平台基地、先进科研设施设备、重大科研攻关项目、稳定的科研经费保障、前沿交叉学科集群、一流的导师队伍、广泛的国际合作机制、丰富的图书文献等各种重要资源,形成了38个研究所共同参与、“院所结合、两段式培养”这一特色鲜明的科研机构举办研究生教育的创新模式,将中国农业科学院的科研资源优势转化为学科建设、人才培养、特色办学优势,为研究生完成课程教学、开展学术研究、参与课题实践、培养创新能力提供了农业科研国家队特有的广阔舞台。
中国农业科学院深圳农业基因组研究所(以下简称“基因组所”),创建于2014年,是农业农村部,中国农科院和深圳市在科技体制改革的背景下,整合农业基因组学研究力量在深圳成立的新型研究所。
成立以来,基因组所深入贯彻落实习近平总书记“四个面向、两个一流”指示精神,开展科研自主权改革试点工作,被列为中国农科院现代院所改革的“试验田”,建设了由中国农科院与深圳市主管领导任共同理事长的理事会;组建了近800人的研究队伍;形成了以组学技术为核心、辐射农业、食品和生态方向的学科体系,获批“岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心”“农业农村部农业基因数据分析重点实验室”等创新载体;在包括 Science、Nature、Cell 等顶级期刊在内的杂志上发表SCI论文400多篇,以基因组设计育种育成国审、省审新品种30余个,农业基因组学等研究领域占据世界前沿。 2019年、2020年连续两年自然指数排名全国农业类科研院所第一名,多项成果入选“‘十三五’农业科技十大标志性成果”“中国生命科学十大进展”“中国农业科学十大进展”。先后获得“何梁何利基金”奖、“周光召基础科学奖”“深圳经济特区建立40周年创新创业和先进模范人物”“深圳市市长奖”等奖励。基因组所联合深圳市相关部门提出了“深圳国际食品谷”,规划已得到市政府印发,将构建农业食品产学研协作生态,做出科技推动农业食品产业转型升级的先行示范。
按照国家相关规定,我院全日制与非全日制硕士研究生学费标准均为:8000元/人/年。凡我院各研究所录取的推免生均免收第一年学费,优秀推免生免收基本学制内全部学费。
我院全日制非定向硕士研究生奖助学金体系由奖学金和助学金两部分组成。奖学金包括国家奖学金、学业奖学金(100%覆盖)、研究生院单项奖学金和企业奖学金。助学金包括国家助学金、研究生院助学金、导师助研津贴、“三助”津贴和特困生补助,具体奖助学金政策可登陆中国农业科学院研究生院网站查询。