团队的研究方向：农业物种基因组学基础科学问题和算法研究；近缘物种的比较进化与群体的驯化演化研究；宏基因组与有益菌筛选研究；农业环境基因组及其与农业物种基因组的协同进化关系研究；农业物种的基因组结构与定向设计研究。

团队以农业领域的重要物种基因组为主要研究对象，利用组学大数据及多重组学分析技术，致力于揭示农艺性状背后的基因构成规律，开发具有农业应用价值的基因序列资源，为发展生物育种和改良农业环境提供基因组学和生物信息学支撑。自团队建立以来，完成了多项国际领先的科研项目，包括薇甘菊基因组、多头带绦虫基因组、福寿螺基因组、非洲大蜗牛基因组、绿盲蝽基因组，以及鸡肠道宏基因组、沼气宏基因组等。

团队研究方向包括与基因组紧密相关的生命科学问题研究，有显著农业应用价值物种的基因组学研究，以及开发解决基因组学前沿问题的生物信息学算法软件。利用基因组学与生物信息学技术推动生物育种和病虫害防治等领域的重大变革。

基因组学研究：已经完成生殖细胞精子和卵子单细胞基因组研究，揭示了个体水平上的减数分裂重组规律和非整倍体的发生规律，该成果将促进生殖细胞的筛选、优生优育和生物育种领域的发展；已经完成大熊猫、薇甘菊、多头带绦虫、福寿螺、非洲大蜗牛、绿盲蝽等多种生物的基因组学研究，揭示了这些物种的独特表型背后的基因组遗传机制，为这些物种的持续开发利用奠定基础。已经完成鸡肠道微生物、沼气微生物等宏基因组学研究，构建了核心微生物的基因组和基因集，为进一步选育有益菌铺平道路。

生物信息学研究：已经开发测序数据特征分析与精准模拟算法 （PIRS）、基于Kmer的基因组特征估计算法（GCE）、二代短序列组装算法（DBG）、基于HiC数据的完整染色体组装算法(EndHiC)、单细胞变异检测和重组位点检测算法(SPERMSNP)、同源基因定位算法(FGF)等多个生物信息学算法软件。这些算法软件在生物信息学领域具有一定的影响，促进了一系列基因组研究项目的开展，软件代码开源在Github (https://github.com/fanagislab)。

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