1.      国家自然科学基金青年项目（项目批准号：41301626，2014年-2016年）：北方地区秸秆沼气集中供气工程冬季增温保温能源边际报酬分析，主持人。

2.      农业部农村能源建设项目（2011-2021年）：秸秆主要收集利用途径与收储运体系建设；大中型沼气工程原料多元化及其沼气生产成本比较分析；我国玉米秸秆资源开发利用现状及其效果评价；秸秆新型能源化利用的技术经济评价及其参数体系制订；农业废弃物污染状况及治理对策；秸秆新型能源化利用与节能减排等；作物秸秆产排污系数监测；农作物秸秆资源台账建设等，主持人。

3.       第二次全国污染普查项目（2017-2019年）：秸秆使用量抽样调查技术规定编制与数据处理分析，主持人。

4.       院所基本科研基金项目（2011年）：秸秆新型能源化利用节能减排效果评价，主持人。

1.      秸秆打捆直燃集中供暖模式概况及效益评价.中国农业资源与区划，2021.9.24网络首发，通讯作者；

2.      Urea Application Rate for Crop Straw Decomposition inTemperate China.Applied and Environmental Soil Science.2021，第1作者；

3.      Crop strawutilization and field burning in Northern region of Ghana. Journal of Cleaner Production, 261(2020) 121191，通讯作者；

4.      农作物秸秆综合利用和禁烧管理国家法规综述与立法建议.中国农业资源与区划，2019,40（8）:1-10，通讯作者；

5.      我国农作物秸秆离田多元化利用现状与策略.中国农业资源与区划，2019,40（9）:1-11，通讯作者；

6.      稻麦玉米秸秆残留还田量定量估算方法及应用.农业工程学报.，2015，31（13）:243-250，第1作者；

7.      中国棉秆资源量估算及其自然适宜性评价，中国人口资源与环境，2015，25（6）:159-166，通讯作者；

8.      The Assessment and Utilization of Straw Resources in China. Agricultural Sciences in China.2010 (3): 101-105，第1作者；

9.      中国秸秆资源可收集利用量及其适宜性评价.中国农业科学，2010（9）:1852-1859，第1作者。

1.       王亚静，王红彦，毕于运.农作物秸秆肥料化利用技术.中国农业出版社，2020.5；

2.       毕于运，王亚静.秸秆综合利用政策解读.中国农业出版社.2019.12；

3.       毕于运，王亚静.国家法规与政策—农作物秸秆综合利用和禁烧管理.中国农业科学技术出版社.2019.1；

4.       毕于运，王亚静.经验与启示—发达国家农作物秸秆计划焚烧与综合利用.中国农业科学技术出版社.2018.1； 

5.       朱建国，陈维春，王亚静.农业废弃物资源化综合利用管理.化学工业出版社，2015.9;

6.       毕于运，王道龙，高春雨，王亚静.中国秸秆资源评价与利用.中国农业科学技术出版社，2008.5；