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主要研究方向为基于体外细胞和动物活体实现农产品中污染物联合毒性效应研究；实现大尺度评价农产品中多种混合污染物风险建模与评估研究；联合用药对细菌耐药性影响研究领域。共主持和参与课题48项，其中主持国家自然科学基金面上项目1项，国家食品安全重点研发项目子课题2项、院级基本科研业务项目1项；还参与并主要承担了国家科技支撑项目、948重大专项、院创新团队项目、院长基金等，在国内外学术期刊上公开发表论文52篇，SCI收录12篇（单篇影响因子最高10.62）；出版专著6部，主编《农产品质量安全风险评估建模》、《农产品质量安全风险评估原理、方法和应用》、《农产品质量安全风险评估制度分析与比对研究》等3部，副主编2部；获软件著作权3项；第一发明人申请方法发明专利8项，授权2项；获省级技术成果鉴定2项等;获得省部级奖一等奖1项（排名第三）；中国农科院院创新奖1项（排名第三）。
任中国毒理学会替代法与转化毒理学专业青年委员会委员，中国农业科学院“农产品质量安全风险监测与风险评估技术研究”创新团队研究骨干。
1. 国家自然科学基金面上，主持，低剂量和亚慢性条件下4种典型生物毒素联合肝毒性效应预测及互作机制研究（31972181）
2. 国家食品安全重点研发项目子课题，主持，加工食品中杂环胺与风味互做机制研究(2017YFC1600402)
3. 国家食品安全重点研发项目子课题，主持，水产品典型用药及耐药迁移规律研究(2017YFC1600704)
1.获奖(获3项奖励，均为第三完成人)
[1] 钱永忠, 邱静，李耘等.主要农产品风险因子识别与安全评价关键技术研发及应用. 中国农业科学院杰出科技创新奖.2020年
[2] 钱永忠, 邱静, 李耘等. 农产品混合污染物联合效应及评价技术研究.中国农业科学院 “十二五”农产品质量安全研究亮点成果，2016年.
2.代表性专利和软件著作权（申请专利8项，授权3项，2项第一完成人；软件著作权1项，第一完成人）
[1] 李耘, 钱永忠,李鑫等.确定多种化学物联合毒性效应系数的方法, 发明专利授权号：ZL201510083540.5.
[2] 李耘,刘畅，钱永忠等.一种糖皮质激素内分泌干扰物联合效应的转基因细胞测定法. 发明专利授权号：ZL2019 1 1221278.0；
[3] 李耘,邱静,陈晨等.农产中农药残留分析软件V1.0. 登记号：2017SR371300.
3. 代表性论文（共发表和接受论文25篇，12篇为第一/通讯作者）
[1] Yun Li, JiaDi Sun, LongYun Wu, Jian Ji, XiuLan Sun*. Surface-enhancedfluoresce enceimmuno sensor using Aunano-crosses for the detection of microcystin-LR[J].Biosensors and Bioelectronics, 2014,62:255-260.(IF=10.62,Q1)
[2] Yun Li, JiaSheng Wang, JinJuan Li, XiuLan Sun. Animproved overall risk probability-based method for assessing the combinedhealth risks of chemical mixtures: an example about mixture of aflatoxin B1and microcystin-LR by dietary intake.Food and ChemicalToxicology,2020,146:111815(IF=6.023, Q1)
[3] YunLi, Tianqi Wang, Jing Wu,Yongzhong Qian. Multi-parameter analysis of combined hepatotoxicity induced bymycotoxin mixtures in HepG2 cells, World Mycotoxin Journal, 2018,11(2):225-235.(IF=3.35, Q3)
4.专著:
[1] 钱永忠，李耘编著. 农产品质量安全风险建模与应用.标准出版社, 2014
[2] 钱永忠，李耘编著. 农产品质量安全风险评估原理、方法及应用. 标准出版社
孙秀兰,李耘,李晓薇主编.食品加工过程安全性评价及风险评估,北京：化学工业出版社.2017
5.成果鉴定：余林生,李耘等.蜜蜂蜂螨风险评估技术研究与应用.安徽省科技厅(皖科鉴字[2015]第244号)
6.成果开发：开发成功Hela-GR-GFP转基因工程细胞，推广至石家庄君乐宝有限公司（应用证明和细胞转让协议）
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