团队在黄三文研究员的带领下，致力于利用组学大数据开拓植物生物学前沿并推动作物育种变革。在 Cell、Nature、Science 和 Nature Genetics 发表多篇论文。获国家自然科学二等奖、何梁何利基金“科学与技术进步奖”和全国创新争先奖等。

人员构成：研究员1人，Pre-PI1人，副研究员5人，博士后17人，职工11人，学生：22人。 

研究方向：蔬菜遗传育种与植物基因组学 

招生方向：生物信息学、基因组学、生物化学与分子生物学、蔬菜学、作物遗传育种 

研究进展和代表成果： 1.系统阐明了瓜类作物苦味形成和驯化的分子机理，发现了植物代谢基因簇的调控机制； 2.揭示育种如何改变了番茄基因组和代谢组，发现了番茄风味的化学和遗传基础； 3.打破了马铃薯自交不亲和，阐明了自交衰退的遗传机制，为杂交马铃薯育种奠定科学基础。 

1. 国家自然科学基金重大项目，31991180，优质番茄的分子基础与基因组设计，2020.1-2024.12，1990 万元，在研，主持。

（国家自然科学基金委重大课题, 31991181，番茄品质和抗性的多组学研究与关键基因发掘，2020.1-2024.12, 400万元，在研，主持）

2. 国家重点研发项目任务书（中华人民共和国科学技术部），2019YFA0906200，外源基因元器件在农作物中的适配性评价共性技术，2020.1-2024.12, 1825万元，在研，主持。（国家重点研发计划课题，2019YFA0906203，人工合成农作物的全局调控和多组学适配评价，2020.1-2024.12, 1038万元，在研，主持）

1. 国家自然科学基金重大项目，31991180，优质番茄的分子基础与基因组设计，2020.1-2024.12，1990 万元，在研，主持。

（国家自然科学基金委重大课题, 31991181，番茄品质和抗性的多组学研究与关键基因发掘，2020.1-2024.12, 400万元，在研，主持）

2. 国家重点研发项目任务书（中华人民共和国科学技术部），2019YFA0906200，外源基因元器件在农作物中的适配性评价共性技术，2020.1-2024.12, 1825万元，在研，主持。（国家重点研发计划课题，2019YFA0906203，人工合成农作物的全局调控和多组学适配评价，2020.1-2024.12, 1038万元，在研，主持）

1. 获奖时间：2020-11 ，获奖类别：中国农业科学院杰出科技创新奖，成果名称：番茄基因组研究与风味设计育种，获奖者：黄三文；

2. 获奖时间：2020-10，获奖类别：深圳市市长奖，获奖者：黄三文；

3. 获奖时间：2020-05，获奖类别：全国创新争先奖，获奖者：黄三文。