导师风采
常玉晓
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个人信息

Personal Information

  • 研究员
  • 导师类别:硕士,博士生导师
  • 性别: 男
  • 学历:博士研究生
  • 学位:博士

联系方式

Contact Information

  • 所属院系:基因组所
  • 所属专业: 生物化学与分子生物学  、 ★生物信息学  、 农艺与种业
  • 邮箱 : changyuxiao@caas.cn
  • 工作电话 : 0755-28394695

个人简介

Personal Profile

2002.9-2009.12   华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室,生物化学与分子生物学专业硕博连读研究生,获理学博士学位。

1997.9-2001.7 河南农业大学园艺学专业,获农学学士学位。

2015.2至今:中国农科院深圳农业基因组研究所 研究员 博士生导师

2012.10-2015.1:美国杰克逊基因组医学实验室(The Jackson Laboratory for Genomics Medicine)  博士后

2010.5-2012.9:美国维斯塔研究所(The Wistar Institute) 博士后

研究方向

新一代测序技术(Next Generation Sequence)的快速发展已经深深的影响了植物功能基因组学和育种研究的方方面面,随着测序技术的不断成熟以及价格的不断下降,未来NGS一定会与植物功能基因组学和育种研究更紧密的结合。我们的研究方向主要是基于NGS,开发为植物功能基因组学和育种研究服务的新方法,主要包括:第一,DNA大片段文库的制备;第二,全基因组分子标记的新方法;第三,这些新技术在复杂植物基因组中的应用,尤其是玉米抗病基因定位与克隆中的应用。

主持科研项目

[1] 全基因组前景与背景基因分型技术的开发与应用,国家自然科学基金面上项目, 2020-2023,54万元 

[2] 基因组简化新方法及其在小麦基因型检测中的应用研究,国家自然科学基金面上项目, 2022-2026,58万元

[3]中国农科院青年英才启动经费, 2017-2021, 300万元

近三年科研成果

[1] Li Z, Wang Y, Bello B, Ajadi A, Tong X, Chang Y*, Zhang J*. Construction of a quantitative acetylomic tissue atlas in rice (Oryza sativa L.). Molecules, 2018, 23: 2843-2859. 

[2] Deng C, Li H, Li Z, Tian Z, Chen J, Chen G, Zhang X, Ding J*, Chang Y*. New QTL for resistance to Puccinia polysora Undwew in maize. Journal of Applied Genetics, 2019, 60: 147-150.

[3] 张翠翠#, 赵胜#, 王越, 张鹏,常玉晓*. 利用高效的大片段DNA回收方法改良Fosmid文库的构建. 2020,生物技术通报 36, 220-227 

[4] Zhao S#, Zhang C#, Mu J, Zhang H, Yao W, Ding X, Ding J*, Chang Y*. All-in-one sequencing: An improved library preparation method for cost-effective and high-throughput next-generation sequencing. Plant Methods, 2020, 16: 74-87. 

[5] Wang X#, Feng H#, Chang Y#, Ma C#, Wang L#, Hao X#, Li A, Cheng H, Wang L, Cui P, Jin J, Wang X, Wei K, Ai C, Zhao S, Wu Z, Li Y, Liu B, Wang G*, Chen L*, Ruan J*, Yang Y*. Population sequencing enhances understanding of tea plant evolution. Nature communications, 2020, 11, 4447.

[6] Zhang H#, Wang Y#, Deng C, Zhao S, Zhang P, Feng J, Huang W, Kang S, Qian Q, Xiong G*, Chang Y*. High-quality genome assembly of Huazhan and Tianfeng, the parents of an elite rice hybrid Tian-you-hua-zhan. SCIENCE CHINA Life Sciences, 2021, https://doi.org/10.1007/s11427-020-1940-9

[7] Sheng Zhao#, Xueying Li#, Junfeng Song#, Huimin Li, Xiaodi Zhao, Peng Zhang, Zhimin Li, Zhiqiang Tian, Meng Lv, Ce Deng, Tangshun Ai, Gengshen Chen, Hui Zhang, Jianlin Hu, Zhijun Xu, Jiafa Chen, Junqiang Ding*, Weibin Song*, Yuxiao Chang*, 2021. Genetic dissection of maize plant architecture using a novel nested association mapping population. The Plant Genome, Accepted.

“#”: 第一作者; “*”: 通讯作者

[7]常玉晓,等,一种一次制备多个DNA大片段插入双末端测序文库的方法,发明专利号:201510430638.3

[8]常玉晓,等,一次分离多个已知序列DNA片段的未知侧翼序列的方法,申请日期:2018年10月,专利申请号:201811171982.5

[9]常玉晓,等;一种全基因组分子标记检测的方法,申请日期:2018年10月,专利申请号:201811171975.5

[10]常玉晓,等;一种下一代测序文库的制备方法,申请日期:2018年6月,专利申请号:201810596876.5

[11]常玉晓,等;同时进行前景DNA分子标记和背景DNA分子标记检测的方法及其应用,申请日期:2021年4月,专利申请号:202110487887.1

荣誉与学术兼职

深圳市海外高层次人才(2015)

中国农科院青年英才(2016)

BMC Plant Biology 编委, 2021年至今


  • 研究方向Research Directions
新一代测序技术的开发及应用和产业化,第一,DNA大片段文库的制备,第二,全基因组分子标记的新方法,第三,这些新技术在复杂植物基因组中的应用
2. 机电结构优化与控制 研究内容:在对机电结构进行分析和优化的基础上,运用控制理论进行结构参数的调整,使结构性能满足设计要求。1. 仿生结构材料拓扑优化设计, 仿生机械设计 研究内容:以仿生结构为研究对象,运用连续体结构拓扑优化设计理论和方法,对多相仿生结构(机构)材料进行2. 机电结构优化与控制 研究内容:在对机电结构进行分析和优化的基础上,运用控制理论进行结构参数的调整,使结构性能满足设计要求。1. 仿生结构材料拓扑优化设计, 仿生机械设计 研究内容:以仿生结构为研究对象,运用连续体结构拓扑优化设计理论和方法,对多相仿生结构(机构)材料进行整体布局设计。 整体布局设计。
团队展示

博士后:

1.郭建飞,博士。1989年出生。2011年毕业于遵义师范学院生命科学专业,获理学学士学位;2014年毕业于河南大学植物逆境生物学棉花国家重点实验室,获理学硕士学位;2020年毕业于中国科学院大学分子植物科学卓越创新中心,获理学博士学位。曾从事玉米功能基因研究、NGS实验室管理和文库建库、蛋白质组学与蛋白质修饰组学方法开发和分析工作,相关成果发表于Clinical and Translational Medicine, New Phytologist和PLOS Genetics。

Chai X, Guo J, Dong R, Yang X, Deng C, Wei C, Xu J, Han W, Lu J, Gao C, Gao D, Huang C, Ke A, Li S, Li H, Tian Y, Gu Z, Liu S, Liu H, Chen Q, Liu F, Zhou J, Fan J, Shi G, Wu F, Cai J. Quantitative acetylome analysis reveals histone modifications that may predict prognosis in hepatitis B-related hepatocellular carcinoma. Clin Transl Med. 2021 Mar;11(3):e313. doi: 10.1002/ctm2.313.

 Chai H, Guo J, Zhong Y, Hsu CC, Zou C, Wang P, Zhu JK, Shi H. The plasma-membrane polyamine transporter PUT3 is regulated by the Na+ /H+ antiporter SOS1 and protein kinase SOS2. New Phytol. 2020 May;226(3):785-797. doi: 10.1111/nph.16407.

 Wang H, Guo S, Qiao X, Guo J, Li Z, Zhou Y, Bai S, Gao Z, Wang D, Wang P, Galbraith DW, Song CP. BZU2/ZmMUTE controls symmetrical division of guard mother cell and specifies neighbor cell fate in maize. PLoS Genet. 2019 Aug 29;15(8):e1008377. doi: 10.1371/journal.pgen.1008377.

2.赵胜,博士。1991年出生。2013年本科毕业于河南科技学院,获农学学士学位;2016年毕业于中国农业科学院油料作物研究所,获农学硕士学位;2021年毕业于中国农业科学院农业基因组研究所,获理学博士学位。2013-2016年,硕士期间参与大豆抗锈性状遗传及QTL定位工作,相关成果发表于Theoretical and Applied Genetics杂志上。2016-2018年加入中国农科院深圳基因组研究所组学技术中心,担任助理研究员,主要从事高通量测序技术开发及数据分析工作。2018-2021年博士在读期间,参与开发了AIO-seq高通量测序技术,并完成玉米HNAU-NAM1多亲遗传群体株型性状的遗传解析及QTL定位工作。博士毕业后,继续在中国农科院深圳农业基因组研究所组学技术中心,围绕高通量测序技术开发方向从事博士后科研工作。近五年,在Nature Communications、Science China Life Sciences、Plant Methods、The Plant Genome及《生物技术通报》等国内外学术期刊发表科研论文7

篇,其中第一作者(含并列)3篇;申请发明专利3项。详情如下:

参与文章发表7篇(#并列第一作者,*通讯作者):

(1) Sheng Zhao#, Xueying Li#, Junfeng Song#, Huimin Li, Xiaodi Zhao, Peng Zhang, Zhimin Li, Zhiqiang Tian, Meng Lv, Ce Deng, Tangshun Ai, Gengshen Chen, Hui Zhang, Jianlin Hu, Zhijun Xu, Jiafa Chen, Junqiang Ding*, Weibin Song*, Yuxiao Chang*, 2021. Genetic dissection of maize plant architecture using a novel nested association mapping population. The Plant Genome, Accepted.

(2) Hui Zhang#, Yuexing Wang#, Ce Deng, Sheng Zhao, Peng Zhang, Jie Feng, Wei Huang, Shujing Kang, Qian Qian, Guosheng Xiong*, Yuxiao Chang*, 2021. High-quality genome assembly of Huazhan and Tianfeng, the parents of an elite rice hybrid Tian-you-hua-zhan. Science China Life Sciences, In Press.

(3) Sheng Zhao#, Cuicui Zhang#, Jianqiang Mu, Hui Zhang, Wen Yao, Xinhua Ding, Junqiang Ding*, Yuxiao Chang*, 2020. All-in-one sequencing: an improved library preparation method for cost-effective and high-throughput next-generation sequencing. Plant Methods, 16:74. DOI: 10.1186/s13007-020-00615-3.

(4) Xinchao Wang#, Hu Feng#, Yuxiao Chang#, Chunlei Ma#, Liyuan Wang#, Xinyuan Hao#, A’lun Li, Hao Cheng , Lu Wang, Peng Cui, Jiqiang Jin, Xiaobo Wang, Kang Wei, Cheng Ai, Sheng Zhao, Zhichao Wu, Youyong Li, Benying Liu, Guodong Wang*, Liang Chen*, Jue Ruan*, Yajun Yang*, 2020. Population sequencing enhances understanding of tea plant evolution. Nature Communications, 11(1):4447. DOI: 10.1038/s41467-020-18228-8.

(5) 张翠翠#,赵胜#,王越,张鹏 ,常玉晓*,2020. 利用高效的大片段 DNA 回收方法改良 Fosmid 文库的构建. 生物技术通报, 36(7):17-23.

(6) 徐志军,赵胜,胡小文,等,2020. 基于甘蔗AP85-441和R570基因组参考序列的微卫星位点鉴定和SSR标记开发. 热带作物学报, 41(4):722-729.

(7) 徐志军,赵胜,徐磊,等,2020. 基于RNA-seq数据的栽培种花生SSR位点鉴定和标记开发. 中国农业科学, 53(4):695-706. 

申请发明专利3项:

(1) 常玉晓,刘可,赵胜,张会,汪泉,2018. 一种一次分离多个已知序列DNA片段的未知侧翼序列的方法:201811171982.5.

(2) 常玉晓,王越,张翠翠,赵胜,汪泉,2018. 一种全基因组分子标记检测的方法: 201811171975.5.

(3) 常玉晓,穆建强,赵胜,卢颖,刘可,2018. 一种下一代测序文库的制备方法: 201810596876.5.

3.  Dr. Waqar Afzal Malik is Currently working at Agricultural Genomics Institute of CAAS as a postdoc. He is a fresh Ph.D. graduate from Cotton Research Institute of CAAS. His research mainly focuses on Computational & Functional Genomics along with Plants Molecular Breeding & Genetics. His research interests are further driven towards studying integrative networks of multi omics to understand the complete mechanism of genetic control of important agronomic traits. He has also been engaged in various projects related to Cotton Stress Physiology and Evolutionary Biology. He has published no of research articles as a first and coauthor in prestigious journals like Int. J. Biol. Mac, GM Crops & Food, Genomics and IJMS etc.

EDUCATION EXPERIENCE

Chinese Academy of Agricultural Sciences, China Ph.D. 2017-2021

PMAS-Arid Agriculture University, Rwp. Pakistan Masters 2012-2014

PMAS-Arid Agriculture University, Rwp. Pakistan Bachelors 2008-2012


项目情况

1. GPS-seq技术的开发及其在水稻功能获得性突变体库中的应用 角色:主持;经费30(万元);时间:2015.12-2017.11;项目编号:JCYJ20150630165133393;来源:深圳市科创委;结题验收或鉴定时间:2018年1月。

2.  40kb大片段测序文库(Mate Pair Library)构建方法的建立与优化 角色:主持;经费50(万元);时间:2015.09-2017.08;项目编号:KY20150113;来源:深圳市大鹏新区;结题验收或鉴定时间:2018年08月。

3.  DNA大片段文库制备在水稻精准测序中的关键技术研发 角色:主持;经费450(万元);时间:2016.08-2019.07;项目编号:JSGG20160429104101251;来源:深圳市科创委;结题验收或鉴定时间:2020.06

4. 中国农科院“青年英才”启动经费 角色:主持;经费300(万元);时间:2017.01-2021.12;项目编号:无;来源:中国农科院;结题验收或鉴定时间:在研

5. 中国农科院基本科研业务费 角色:主持;经费75(万元);时间:2017.01-2019.12;项目编号:Y2017XM04;来源:中国农科院;结题验收或鉴定时间:2019年12月。

6. 某物种16个品种的基因组组装 角色:主持;经费24(万元);时间:2017.04-2017.09;项目编号:ZNJY201701;来源:横向课题;结题验收或鉴定时间:2017年9月。

7. 全基因组前景与背景基因分型技术的开发与应用 角色:主持;经费54(万元);时间:2020.01-2023.12;项目编号:31970379;来源:国家自然科学基金委员会;结题验收或鉴定时间:在研

8. 基因组简化新方法及其在小麦基因型检测中的应用研究 角色:主持;经费58(万元);时间:2022.01-2025.12;项目编号:32172086;来源:国家自然科学基金委员会;结题验收或鉴定时间:在研

9. 中国农业科学院创新工程 角色:主持;经费500(万元);时间:2015-2025;项目编号:无;来源:中国农科院;结题验收或鉴定时间:在研

10. 新型纳米孔测序技术的研发及测序仪的研制 角色:主持;经费40(万元);时间:2020-2024;项目编号:无;来源:中国农科院;结题验收或鉴定时间:在研

11. 一个水稻遗传群体的重测序研究 角色:主持;经费5.7114(万元);时间:2020-2021;项目编号:AGIS20200501;来源:横向课题;结题验收或鉴定时间:在研


报考意向
招生信息
基因组所
硕士研究生
  • 序号
  • 专业
  • 招生人数
  • 年份
博士研究生
  • 序号
  • 专业
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备注:
科研项目

[1] 全基因组前景与背景基因分型技术的开发与应用,国家自然科学基金面上项目, 2020-2023,54万元 

[2] 基因组简化新方法及其在小麦基因型检测中的应用研究,国家自然科学基金面上项目, 2022-2026,58万元

[3]中国农科院青年英才启动经费, 2017-2021, 300万元


研究成果

[1] Li Z, Wang Y, Bello B, Ajadi A, Tong X, Chang Y*, Zhang J*. Construction of a quantitative acetylomic tissue atlas in rice (Oryza sativa L.). Molecules, 2018, 23: 2843-2859. 

[2] Deng C, Li H, Li Z, Tian Z, Chen J, Chen G, Zhang X, Ding J*, Chang Y*. New QTL for resistance to Puccinia polysora Undwew in maize. Journal of Applied Genetics, 2019, 60: 147-150.

[3] 张翠翠#, 赵胜#, 王越, 张鹏,常玉晓*. 利用高效的大片段DNA回收方法改良Fosmid文库的构建. 2020,生物技术通报 36, 220-227 

[4] Zhao S#, Zhang C#, Mu J, Zhang H, Yao W, Ding X, Ding J*, Chang Y*. All-in-one sequencing: An improved library preparation method for cost-effective and high-throughput next-generation sequencing. Plant Methods, 2020, 16: 74-87. 

[5] Wang X#, Feng H#, Chang Y#, Ma C#, Wang L#, Hao X#, Li A, Cheng H, Wang L, Cui P, Jin J, Wang X, Wei K, Ai C, Zhao S, Wu Z, Li Y, Liu B, Wang G*, Chen L*, Ruan J*, Yang Y*. Population sequencing enhances understanding of tea plant evolution. Nature communications, 2020, 11, 4447.

[6] Zhang H#, Wang Y#, Deng C, Zhao S, Zhang P, Feng J, Huang W, Kang S, Qian Q, Xiong G*, Chang Y*. High-quality genome assembly of Huazhan and Tianfeng, the parents of an elite rice hybrid Tian-you-hua-zhan. SCIENCE CHINA Life Sciences, 2021, https://doi.org/10.1007/s11427-020-1940-9

[7] Sheng Zhao#, Xueying Li#, Junfeng Song#, Huimin Li, Xiaodi Zhao, Peng Zhang, Zhimin Li, Zhiqiang Tian, Meng Lv, Ce Deng, Tangshun Ai, Gengshen Chen, Hui Zhang, Jianlin Hu, Zhijun Xu, Jiafa Chen, Junqiang Ding*, Weibin Song*, Yuxiao Chang*, 2021. Genetic dissection of maize plant architecture using a novel nested association mapping population. The Plant Genome, Accepted.


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