目前研究团队包括3名博士后，4名科研助理，3名在读博士和8名在读研究生。团队欢迎副研究员，博后，博士/硕士，科研助理等加入共同进步。

张松

博士

毕业于西北农林科技大学，动物遗传育种与繁殖专业。

现从事博士后研究，方向是猪功能基因组。

马文龙

博士

毕业于西北农林科技大学，生物信息学专业。

现从事博士后研究，方向是深度学习和基因组选择。

许令娜

博士

毕业于中国农业大学，动物遗传育种与繁殖专业。

现从事博士后研究，方向是调控元件优化。

付阳

硕士

毕业于香港中文大学，基因组学与生物信息学专业，

现担任课题科研助理，从事生物信息学研究和统计算法开发。

孙德虎

硕士

毕业于天津科技大学，系统与合成生物学专业，

现担任课题科研助理，方向是基因型检测技术开发

赵师磊

硕士

毕业于华中农业大学，动物遗传育种与繁殖专业，

现担任课题科研助理，方向是生物信息学。

申琪

硕士

毕业于中国农业科学院蔬菜花卉研究所，蔬菜学专业，

现担任课题行政助理。

王超

硕士毕业于湖南农业大学，动物科学专业。

现攻读博士学位，方向是生物信息学。

郑伟刚

硕士

毕业于吉林农业大学，农业昆虫与害虫防治专业。

现攻读博士学位，方向是生物信息学。

陈云

硕士

毕业于中国农业科学院农业基因组研究所，畜牧专业。

现攻读博士学位，方向是调控元件优化和功能基因组。

张圆圆

本科

毕业于沈阳农业大学，生物技术专业。

现攻读硕士学位，方向是调控元件优化和猪遗传机制解析。

胡轻轻

本科

毕业于山西农业大学，动物医学专业。

现攻读硕士学位，方向是基因型检测技术开发。

陈畴霖

本科

毕业于内蒙古民族大学，动物科学专业。

现攻读硕士学位，方向是调控元件优化和猪遗传机制解析。

陈昌毅

本科

毕业于浙江大学， 动物医学专业。

现攻读硕士学位，方向是代谢组和猪经济性状的关联。

鲍泳舟

本科

毕业于山东农业大学，生物科学专业。

现攻读硕士学位，方向是调控元件优化。

孙涛

本科

毕业于福建农林大学，动物医学专业。

现攻读硕士学位，方向是基因型检测技术开发。

秦胜华

本科

毕业于河南农业大学，应用化学〈化学生物应用方向〉专业。

现攻读硕士学位，方向待定。

雷博文

本科

毕业于东北林业大学，动物科学专业。

现攻读硕士学位，方向待定。

本人专注于开发新的实验和计算方法，研究转录调控中的增强子定位和功能，以及非编码区DNA变异如何通过影响增强子功能而影响生物性状，方法具有普遍适用性，同时在解析猪产肉性状遗传机制解析中进行深入应用。具体研究方向包括：结合基因型数据，表型数据和多组学功能注释数据，解析GWAS信号和选择进化信号，从而挖掘影响性状的重要调控元件和基因；开发高通量实验和计算方法，在动物体内和单细胞层面，鉴定影响增强子功能的DNA变异，并以此为切入点，挖掘影响性状的关键基因；开发实验和计算方法，结合高通量调控元件数据进行调控元件序列底层逻辑的解析，优化和设计新一代调控元件和细胞线路，通过合成生物学手段为性状改良提供基因功能模块；开发低成本高密度的新一代基因型检测方法，开发结合多组学数据和深度学习的全基因组选育方法和精细定位方法，协助推进畜牧动物品种选育和性状改良。

  1. 2021/01-2023/12，国家自然科学基金面上项目“动物体内和单细胞层面研究增强子功能性SNP效应的新方法及其应用”（31902124），58万，主持人。

  2. 2020/01-2022/12， 国家自然科学基金青年基金 “猪骨骼肌增强子功能性SNP的定位及其与产肉性状的关联性分析”（32070595），24万，主持人。

  3. 2020/05-2023/05，深圳市科创委面上项目“构建骨骼肌发育过程中的动态转录调控网络解析猪产肉性状的遗传机理”（JCYJ20190814163803664），30万，主持人。 

  4. 2020/10-2025/09，深圳市基础研究机构"组学区块链和食品溯源" (AGIS-ZDKY202007)， 1500万，主持人。

  5. 2021/01-2025/12，基因组所科研启动经费， 600万，主持人

  6. 2020/01-2022/12，中国农业科学院科技创新工程重大科研计划“猪高效抗病生物学基础与基因组设计育种” (CAAS-ZDRW202006),  600万，参与。

  7. 2020/01-2022/12，广东省基础与应用基础研究基金项目“染色质可及性通过影响骨骼肌细胞组分调控猪肉品质的分子机制” （2019B1515120059），100万，参与。

以第一作者或并列第一作者，在 Genome Biology, JACS, American Journal of Human Genetics, Bioinformatics等国际知名期刊发表多篇文章，所有文章Google Scholar 总引用次数超过900次。已取得的代表性成果包括开发了高通量增强子定位和定量方法WHG-STARR-Seq，首次以高通量直接测量的方式定位了哺乳动物中全基因组层面的增强子；开发了等位基因特异性的STARR-Seq，首次高通量测定了上万GWAS关联性SNP对增强子功能的影响；开发了检测5-羟基甲基胞嘧啶（5hmC）的新方法Jump-Seq, 该甲基化修饰被认为和增强子活性相关。开发了统计算法TADA-Annotation，首次将增强子和DNA变异的整合分析从遗传性突变拓展到新生突变，为研究DNA变异如何通过影响调控元件来影响生物性状带来了新的思路。开发的新型基因型检测和基因组选择方法平台获得首届广东省种业科创大比武总决赛十强。

发表SCI论文:

1)  Lulu Hu#，Yuwen Liu#， ShengtongHan#，Lei Yang#，Xiaolong Cui，Yawei Gao，Qing Dai，XingyuLu，Xiaochen Kou，Yanhong Zhao，Wenhui Sheng，Shaorong Gao，Xin He*，Chuan He*.Jump-seq: Genome-WideCapture and Amplification of 5Hydroxymethylcytosine Sites. Journal of theAmerican Chemical Society.2019.141(22).8694-8697.

2)  Yuwen Liu#, Yanyu Liang, A Ercument Cicek, Zhongshan Li,Jinchen Li, Rebecca A Muhle, Martina Krenzer, Yue Mei, Yan Wang, NicholasKnoblauch, Jean Morrison, Siming Zhao, Yi Jiang, Evan Geller, IulianaIonita-Laza, Jinyu Wu, Kun Xia, James P Noonan, Zhong Sheng Sun*, Xin He*.Astatistical framework for mapping risk genes from de novo mutations inwhole-genome-sequencing studies.The American Journal of Human Genetics.2018.102(6).1031-1047.

3)  Yuwen Liu#, Shan Yu#, Vineet K Dhiman#, Tonya Brunetti, HeatherEckart*, Kevin P White*.Functional assessment of human enhancer activitiesusing whole-genome STARR-sequencing.Genome biology.2017.18(1).219.

4)  Song Liu#, Yuwen Liu#, Qin Zhang, Jiayu Wu, Junbo Liang, ShanYu, Gong-Hong Wei, Kevin P White*, Xiaoyue Wang*.Systematic identification ofregulatory variants associated with cancer risk.Genome biology.2017.18(1).194.

5)  Yuwen Liu#, Jie Zhou, Kevin P White*.RNA-seq differentialexpression studies: more sequence or more replication?Bioinformatics.2013.30(3).301-304.

6)  Siming Zhao#, Jun Liu, Pranav Nanga, Yuwen Liu, A. ErcumentCicek, Nicholas Knoblauch, Chuan He, Matthew Stephens*，XinHe*.Detailed modeling of positive selection improves detection of cancer drivergenes.Nature Communications.2019, 10(1).3399.

7)  Yingzheng Wang#, Mingjun Liu, Jiyang Zhang, Yuwen Liu, MeganKopp, Weiwei Zheng, Shuo Xiao*.Multidrug Resistance Protein 1 DeficiencyPromotes Doxorubicin-Induced Ovarian Toxicity in Female Mice Toxiocological Sciences.2018.163(1).279-292.

8)  Kittler R, Zhou J, Hua S, Ma L, Liu Y, Pendleton E, Cheng C,Gerstein M, White KP.A Comprehensive Nuclear Receptor Network for Breast CancerCells Cell Reports    2013, 3(2):538-51.

9)  Jun Li , Guangjin Pan, Kai Cui, Yuwen Liu, Shaobin Xu, DuanqingPei.A Dominant-negative Form of Mouse SOX2 Induces TrophectodermDifferentiation and Progressive Polyploidy in Mouse Embryonic Stem Cells.TheJournal of Biological Chemistry.2007. 282(27).19481-92.

10) Donna M Werling#, Harrison Brand, Joon-Yong An, Matthew RStone, Lingxue Zhu, Joseph Glessner, Ryan L Collins, Shan Dong, Ryan M Layer,Eirene Markenscoff-Papadimitriou, Andrew Farrell, Grace B Schwartz, Harold ZWang, Benjamin B Currall, Xuefang Zhao, Jeanselle Dea, Clif Duhn, Carolyn AErdman, Michael C Gilson, Rachita Yadav, Robert E Handsaker, Seva Kashin,Lambertus Klei, Jeffrey D Mandell, Tomasz J Nowakowski, Yuwen Liu, SirishaPochareddy, Louw Smith, Michael F Walker, Matthew J Waterman, Xin He, Arnold RKriegstein, John L Rubenstein, Nenad Sestan, Steven A McCarroll, Benjamin MNeale, Hilary Coon, A Jeremy Willsey, Joseph D Buxbaum, Mark J Daly, Matthew WState, Aaron R Quinlan, Gabor T Marth, Kathryn Roeder, Bernie Devlin*, MichaelE Talkowski*, Stephan J Sanders*.An analytical framework for whole-genomesequence association studies and its implications for autism spectrumdisorder.Nature Genetics.2018.50(5).727.

11) Xinxin Ke#, Alesia Walker, Sven-Bastiaan Haange, IliasLagkouvardos, Yuwen Liu, Philippe Schmitt-Kopplin, Martinvon Bergen, NicoJehmlich, Xin He, Thomas Clavel, Peter C.K. Cheung*.Synbiotic-drivenimprovement of metabolic disturbances is associated with changes in the gutmicrobiome in diet-induced obese mice.Molecular Metabolism.2019.22.96-109.