胡冠菁团队主要从事植物进化遗传学和遗传育种研究。团队以棉属植物重要农艺性状的遗传解析与育种应用为主要研究方向，采用进化系统生物学方法整合多维度与多组学研究手段，致力于解析作物复杂性状的遗传调控⽹络与干预机制，为高效精准育种提供理论依据。通过对多倍体基因组的细胞遗传学特性、序列变异、染色体结构、转录调控元件、以及动态表达谱进行系统生物学分析，我们将深⼊探索棉花纤维发育、棉籽油份合成、胁迫响应等重要⽣理机制在驯化改良过程中的演化机制以及全基因组网络调控基础。主要课题包括：（1）棉属种质资源的挖掘创新；（2）多倍化的全景多维网络解析。

代表性论著：（第一作者#，通讯作者*）

1.  Hu, G., C. E. Grover, M. A. I. I. Arick, M. Liu, D. G. Peterson etal., 2020 Homoeologous gene expression and co-expression network analysesand evolutionary inference in allopolyploids. Brief. Bioinform. bbaa35. (第一作者) 发表日期：2020/08/01

2.  #Bao, Y., #G. Hu, C. E. Grover,J. Conover, D. Yuan et al., 2019 Unraveling cis and transregulatory evolution during cotton domestication. Nat. Commun. 10: 5399.（共同第一作者）发表日期：2019/11/27

3.  Hu, G., and J. F. Wendel, 2018 Cis-trans controlsand regulatory novelty accompanying allopolyploidization. New Phytologist 221:1691–1700. (第一作者) 发表日期：2018/10/05

4.  Dong, Y., G. Hu, J. Yu, S. W.Thu, C. E. Grover et al., 2019 Salt‐tolerance diversity in diploid andpolyploid cotton (Gossypium) species. Plant J. 101: 1135-1151. 发表日期：2019/10/23

5.  #Zhao, B., #J. F. Cao,#G. Hu, Z. W. Chen, L. Y. Wang, X. X. Shangguan, Ling-Jian Wang, Y. B.Mao, T. Z. Zhang, J. F. Wendel, X. Y. Chen. 2018. Core cis-elementvariation confers subgenome-biased expression of a transcription factor thatfunctions in cotton fiber elongation. New Phytologist 218(3):1061-1075. （共同第一作者）发表日期：2018/02/21

6.  Hu, G., R. Hovav, C. E. Grover, A. Faigenboim-Doron, N. Kadmon etal., 2016 Evolutionary conservation and divergence of gene co-expressionnetworks in Gossypium (cotton) seeds. Genome Biol. Evol. 8: 3765–3783. (第一作者) 发表日期：2016/12/24

7.  Hu, G., J. Koh, M.-J. Yoo, S. Chen, and J. F. Wendel, 2015Gene-expression novelty in allopolyploid cotton: a proteomic perspective.Genetics 200: 91–104. (第一作者) 发表日期：2015/05/01

8.  Hu, G., J. Koh, M.-J. Yoo, D. Pathak, S. Chen et al., 2014Proteomics profiling of fiber development and domestication in upland cotton (Gossypiumhirsutum L.). Planta 240: 1237–1251. (第一作者) 发表日期：2014/12/01

9.  Hu, G., J. Koh, M.-J. Yoo, K. Grupp, S. Chen et al., 2013Proteomic profiling of developing cotton fibers from wild and domesticated Gossypiumbarbadense. New Phytol. 200: 570–582. (第一作者) 发表日期：2013/06/25

10.Hu, G., N. L. Houston, D. Pathak, L. Schmidt, J. J. Thelen et al.,2011 Genomically biased accumulation of seed storage proteins in allopolyploidcotton. Genetics 189: 1103–1115. (第一作者) 发表日期：2011/11/01