1. 国家自然科学基金项目“棉花陆海渐渗系的评价鉴定及纤维品质性状遗传分析”（31101188），2012年1月至2014年12月，主持人

2. 河南省自然科学基金项目“陆海渐渗系5号染色体上优异纤维品质和抗黄萎病QTL簇的遗传解析”（202300410549），2020年5月至2022年4月，主持人

3. 国家自然科学基金项目（合作项目）“棉花陆海渐渗系的纤维强度QTL（qFS-20-1）的精细定位及候选基因鉴定”（31801404），2019年1月至2021年12月，合作项目主持人

4. 国家自然科学基金项目（合作项目）“基于陆海近等基因渐渗系的纤维长度QTL（qFL-12-2）精细定位与候选基因鉴定”（U1804103），2019年1月至2021年12月，合作项目主持人

5. 中央级基本科研业务费项目“陆海渐渗系染色体Chr.5上优异纤维品质和抗黄萎病QTL簇的遗传解析” （1610162021011），2021年1月至2021年12月，主持人

6. 院创新工程项目“渐渗系优异性状遗传基础研究及新材料创制”，2013年7月至2021年12月，骨干专家

7.中央级基本科研业务费专项“海陆导入系纤维强度QTL（qFS-20-1）精细定位与候选基因鉴定” （1610162020040904），2020年1月至2020年12月，主持人

8. 国家重点研发计划专项子课题“棉花陆海渐渗系优质纤维品质形成规律研究”（2016YFD0100306-1-3），2016年7月至2020年12月，主持人

9.中央级基本科研业务费项目“棉花陆海渐渗系纤维长度QTL（qFL-12-2）精细定位与候选基因鉴定” （1610162019040004），2019年1月至2019年12月，主持人

10. 中央级基本科研业务费项目“陆海代换系优质、抗病基因的挖掘与利用”(161016201733)，2017年1月至2017年12月，主持人

11. 中央级基本科研业务费重点项目“棉花陆海染色体片段代换系的评价及纤维品质性状遗传分析”（SJ A1203），2012年1月至2014年12月，主持人

12. 中央级基本科研业务费重点项目“利用高代回交和分子标记辅助选择建立棉花单片段代换系”（SJ A0909），2009年1月至2011年12月，主持人

13. 国家重点研发计划子课题“海陆导入系群体种质创新”（2016YFD0100203-20），2016年7月至2020年12月，主要参加人

14. 国家自然科学基金项目“陆地棉纤维品质性状QTL的全基因组挖掘” （31371668），2014年1月至2017年12月，主要参加人

15.国家973项目    棉花纤维品质功能基因组研究及优质高产新品种的分子改良（2010CB126006），2012年01月至2015年12月，参加人

16.国家863项目    高产优质多抗棉花分子育种与品种创制（2012AA101108），2012年01月至2015年12月，参加人

17.国家科学技术部成果转化项目  优质抗虫杂交棉中棉所70配套技术集成与高效示范（2009GB23260440），2009年01月至2011年12月    ，参加人

18.国家转基因专项       转基因优质纤维棉花新品种培育（2011ZX08005-003       ），2008年01月至2015年12月，参加人

19.国家自然科学基金项目“棉属植物腺体形成相关基因的筛选与功能研究”   （30771311），2008年01月至2010年12月，参加人

20.国家973项目“棉纤维品质性状遗传基础研究及分子聚合培育优质棉花新材料”（2004CB117306-3），2004年1月至2009年12月，参加人

发表文章

1. Yuzhen Shi(第一作者), Aiying Liu, Junwen Li, JinfaZhang, Shaoqi Li, Jinfeng Zhang, Liujun Ma, Rui He, Weiwu Song, Lixue Guo,Quanwei Lu, Xianghui Xiang, Wankui Gong, Juwu Gong, Qun Ge, Haihong Shang,Xiaoying Deng, Jingtao Pan, Youlu Yuan. Examining two sets of introgressionlines across multiple environments reveals background independent and stablyexpressed quantitative trait loci of fiber quality in cotton, Theoretical andApplied Genetics, 2020, 133:2075-2093.

2. Zhen Zhang, Junwen Li, Muhammad Jamshed, Yuzhen Shi(共同第一作者),Aiying Liu, Juwu Gong, Shufang Wang, Jianhong Zhang, Fuding Sun, Fei Jia, QunGe, Liqiang Fan, Zhibin Zhang, Jingtao Pan, Senmiao Fan, Yanling Wang, QuanweiLu, Ruixian Liu, Xiaoying Deng, Xianyan Zou, Xiao Jiang, Ping Liu, Pengtao Li,Muhammad Sajid Iqbal, Chuanyun Zhang, Juan Zou, Hong Chen, Qin Tian, Xinhe Jia,Baoqin Wang, Nijiang Ai, Guoli Feng, Yumei Wang, Mei Hong, Shilin Li, WenmingLian, Bo Wu, Jinping Hua, Chaojun Zhang, Jinyong Huang, Aixia Xu, HaihongShang, Wankui Gong, Youlu Yuan. Genome‐wide quantitative trait loci reveal thegenetic basis of cotton fibre quality and yield‐related traits in a Gossypiumhirsutum recombinant inbred line population. Plant biotechnologyjournal, 2020,18(1): 239-253.

3. Yuzhen Shi (第一作者), Aiying Liu, Junwen Li, Jinfa Zhang, Baocai Zhang, Qun Ge, Muhammad Jamshed, Quanwei Lu, Shaoqi Li, Xianghui Xiang, Juwu Gong, Wankui Gong, Haihong Shang, Xiaoying Deng, Jintao Pan, Youlu Yuan. Dissecting thegenetic basis of fiber quality and yield traits in interspecific backcrosspopulations of Gossypium hirsutum × Gossypium barbadense.Molecular Genetics and Genomics, 2019,294:1385-1402.

4. Pengtao Li, Md. Harun or Rashid, Tingting Chen,QuanweiLu, Qun Ge, Wankui Gong, Aiying Liu, Juwu Gong, Haihong Shang, XiaoyingDeng, Junwen Li, Shaoqi Li, Xianghui Xiao, Ruixian Liu, Qi Zhang, Li Duan,Xianyan Zou, Zhen Zhang, Xiao Jiang, YaZhang, Renhai Peng, Yuzhen Shi (通讯作者), Youlu Yuan. Transcriptomic andbiochemical analysis of upland cotton (Gossypiumhirsutum) and a chromosome segment substitution line from G. hirsutum × G.barbadense in response to Verticilliumdahliae infection, BMC Plant Biology, 2019, 19(1):19.

5. Shaoqi Li, Aiying Liu, Linglei Kong, JuwuGong, Junwen Li, Wankui Gong, Quanwei Lu, Pengtao Li, Qun Ge, Haihong Shang,Xianghui Xiao, Ruixian Liu, Qi Zhang, YuzhenShi (通讯作者), Youlu Yuan. QTLmapping and genetic effect of chromosome segment substitution lines withexcellent fiber quality from Gossypiumhirsutum ×Gossypium barbadense. MolecularGenetics and Genomics, 2019, 294:1123-1136.

6. Xianghui Xiao, Quanwei Lu, Ruixian Liu,Juwu Gong, Wankui Gong, Aiying Liu, Qun Ge, Junwen Li, Haihong Shang, PengtaoLi, Xiaoying Deng, Shaoqi Li, Qi Zhang, Doudou Niu, Quanjia Chen, Yuzhen Shi (通讯作者), Hua Zhang, Youlu Yuan. Genome-widecharacterization of the UDP-glycosyltransferase gene family in upland cotton. 3Biotech, 2019, 9(12):453.

7. Lixue Guo, Yuzhen Shi (共同第一作者), Juwu Gong, Aiying Liu, Yunna Tan,Wankui Gong, Junwen Li, Tingting Chen, Haihong Shang, Qun Ge, Quanwei Lu, JieSun, Youlu Yuan. Genetic analysis of the fiber quality and yield traits inG-hirsutum background using chromosome segments substitution lines (CSSLs) fromGossypium barbadense. Euphytica,(2018) 214:82.

8. Pengtao Li, Mi Wang,Quanwei Lu, QunGe, Md. Harun or Rashid, Aiying Liu, Juwu Gong, Haihong Shang,Wankui Gong, Junwen Li, Weiwu Song, LixueGuo, Wei Su, Shaoqi Li, Xiaoping Guo, Yuzhen Shi (通讯作者), Youlu Yuan. Comparative transcriptome analysis ofcotton fiber development of upland cotton (Gossypiumhirsutum) and chromosome segment substitution lines from G. hirsutum × G. barbadense. BMC Genomics,2017,18:705.

9. Weiwu Song, Mi Wang,Wei Su, Quanwei Lu, Xianghui Xiao, Juan Cai, Zhen Zhang, Shaoqi Li, Pengtao Li,Juwu Gong, Wankui Gong, Haihong Shang, Aiying Liu, Junwen Li, Tingting Chen,QunGe, Yuzhen Shi (通讯作者), Youlu Yuan. Geneticand phenotypic effects of chromosome segments introgressed from Gossypium barbadense into Gossypium hirsutum. PLoS One, 2017,12(9): e0184882.

10. Quanwei Lu, Yuzhen Shi (共同第一作者), Xianghui Xiao, Pengtao Li, JuwuGong, Wankui Gong, Aiying Liu, Haihong Shang, Junwen Li, Qun Ge, Weiwu Song,Shaoqi Li, Zhen Zhang, MdHarun or Rashid, Renhai Peng, Youlu Yuan, JinlingHuang.  Transcriptome analysis suggeststhat chromosome introgression fragments from Sea Island cotton (Gossypium barbadense) increase fiberstrength in Upland cotton (Gossypiumhirsutum). G3: GENES/GENOMES/GENETICS, 2017,7(10) : 3469-3479.

11. Yuzhen Shi (第一作者), BaocaiZhang, Aiying Liu, Wentan Li, Junwen Li, Quanwei Lu, Zhen Zhang, Shaoqi Li,Wankui Gong, Haihong Shang, Juwu Gong, Tingting Chen, GeQun, Tao Wang, HeqinZhu, Zhi Liu, Youlu Yuan. Quantitative trait loci analysis of Verticilliumwilt resistance in interspecific backcross populations of Gossypium hirsutum × Gossypium barbadense. BMC Genomics,2016,17:877.

12. Huanchen Zhai, Wankui Gong, Yunna Tan, Aiying Liu, Weiwu Song, JunwenLi, Zhuying Deng, Linglei Kong, Juwu Gong, Haihong Shang, Tingting Chen, QunGe, Yuzhen Shi (通讯作者), Youlu Yuan. Identification of chromosome segment substitutionlines of Gossypium barbadenseintrogressed in G. hirsutum andquantitative trait Locus mapping for fiber quality and yield traits. PLoS One,2016, 11(9): e0159101.

13. Zhen Zhang, HaihongShang, Yuzhen Shi (共同第一作者), Long Huan, Junwen Li,QunGe, Juwu Gong, Aiying Liu, Tingting Chen, Dan Wang, Yanling Wang,KoffiKibalouPalanga, Jamshed Muhammad, Weijie Li, Quanwei Lu , Xiaoying Deng,Yunna Tan, Weiwu Song, Juan Cai, Pengtao Li, Harun or Rashid, Wankui Gong,Youlu Yuan. Construction of ahigh-density genetic map by specific locus amplified fragment sequencing(SLAF-seq) and its application to quantitative trait loci (QTL) analysis forboll weight in upland cotton (Gossypiumhirsutum). BMC Plant Biology, 2016, 16:79.

14. Botao Li, Yuzhen Shi (共同第一作者), JuwuGong, Junwen Li, Aiying Liu, Haihong Shang, Wankui Gong, Tingting Chen, Qun Ge,Chaoyang Jia, Yake Lei, Yushu Hu, Youlu Yuan. Genetic effects andheterosis of yield and yield component traits based on Gossypium barbadense chromosome segment.substitution lines in two Gossypium hirsutum backgrounds. PLoSOne, 2016,11(6): e0157978.

15. Yuzhen Shi (第一作者), Wentan Li, Aiguo Li, RuihuaGe, Baocai Zhang, Junzhi Li, Guangping LiuJunwen Li, Aiying Liu, Haihong Shang, Juwu Gong, Wankui Gong, Zemao Yang, FeiyvTang, Zhi Liu, Weiping Zhu, Jianxiong Jiang, Xiaonan Yu, Tao Wang, Wei Wang,Tingting Chen, Kunbo Wang, Zhengsheng Zhang, Youlu Yuan.  Constructing a high‐density linkage map for Gossypium hirsutum × Gossypium barbadense and identifying QTLs forlint percentage. Journal of Integrative Plant Biology, 2015, 57(5):450-467.

16. Md Harun or Rashid, Pengtao Li, TingtingChen, Koffi Kibalou Palanga, Wankui Gong, Qun Ge, Juwu Gong, Aiying Liu,Quanwei Lu, Latyr Diouf, Zareen Sarfraz, Muhammad Jamshed, Yuzhen Shi (通讯作者), Youlu Yuan. Genome-wide quantitative traitloci mapping on Verticillium wilt resistance in 300 chromosome segmentsubstitution lines from Gossypium hirsutum x Gossypium barbadense. G3: GENES/GENOMES/GENETICS, 2021,11(5),1-14.

17. Qi Zhang, Pengtao Li, Aiying Liu, ShaoqiLi, Quanwei Lu, Qun Ge, Junwen Li, Wankui Gong, Xiaoying Deng, Haihong Shang, Yuzhen Shi (通讯作者), Youlu Yuan. Rapid identification of a candidate generelated to fiber strength using a superior chromosome segment substitution linefrom Gossypium hirsutum × Gossypium barbadense via bulked segregantRNA-Sequencing. Phyton-International Journal of Experimental Botany,2021,90(3),837-858.

授权专利

1. 一种同步改良棉花黄萎病抗性、纤维品质和产量性状的分子育种方法. 专利号为ZL 201711230199.7，国家发明专利，2021年授权，本人为第一完成人.

2. 一种与棉花黄萎病抗性有关的QTL/主效基因的分子标记. 专利号为ZL201711408847.3，国家发明专利，2021年授权，本人为第一完成人.

3. 一种来自海岛棉海1与黄萎病抗性有关的QTL/主效基因的分子标记. 专利号为ZL201711408850.5，国家发明专利，2021年授权，本人为第一完成人.

4. 一种来自海岛棉海1与黄萎病抗性有关的分子标记及其应用. 专利号为ZL 201711408844.X，国家发明专利，2021年授权，本人为第一完成人.

5. 一种同步改良棉花黄萎病抗性和纤维品质性状的分子育种方法. 专利号为ZL 201711230160.5，国家发明专利，2020年授权，本人为第一完成人.

6. 来自海岛棉海1与黄萎病抗性有关的分子标记及其应用. 专利号为ZL 201711232480.4，国家发明专利，2020年授权，本人为第一完成人.

7. 一种与棉花海岛棉纤维长度连锁的分子标记. 专利号为ZL 201610035568.6，国家发明专利，2019年授权，本人为第一完成人.

8. 来自海岛棉与纤维强度有关的分子标记及其应用. 专利号为ZL 201511018481.X，国家发明专利，2019年授权，本人为第一完成人.

9. 来自海岛棉与纤维强度、长度、马克隆值有关的分子标记及其应用. 专利号为ZL 201511015954.0，国家发明专利，2019年授权，本人为第一完成人.

10. 一种与棉花海岛棉纤维强度连锁的分子标记. 专利号为ZL 201610035482.3，国家发明专利，2019年授权，本人为第一完成人.

11. 来自海岛棉海1与纤维长度有关的分子标记及其应用. 专利号为ZL 201510744073.6，国家发明专利，2018年授权，本人为第一完成人.

12. 来自海岛棉海1与纤维马克隆值有关的分子标记及其应用. 专利号为ZL 201510739884.7，国家发明专利，2018年授权，本人为第一完成人.

13. 与棉花黄萎病抗性有关的QTL/主效基因的分子标记. 专利号为ZL 201410506198.0，国家发明专利，2018年授权，本人为第一完成人.

14. 来自海岛棉与纤维比强度有关的分子标记及其应用. 专利号为ZL 201510753375.X，国家发明专利，2018年授权，本人为第二完成人.

15. 来自海岛棉海1与棉花纤维强度有关的分子标记及其应用. 专利号为ZL 201310481269.1，国家发明专利，2015年授权，本人为第二完成人.

16. 鉴定优质抗虫杂交棉中棉所70品种真实性和／或品种纯度的SSR分子标记方法. 专利号为ZL 201210009203.8，国家发明专利，2014年授权，本人为第二完成人.

育成品种

1.     中棉所114（中MB11167），2020年通过四川省审定，川审棉20200006，本人为2完成人.

2.     中棉所114（中MB11167），2019年通过江苏省审定，苏审棉20190002，本人为第2完成人.

3.     中MB90029（中棉所112），2018年通过河南省审定，豫审棉20180002，本人为2完成人.

4.     中棉所70，2008年通过国家审定，国审棉2008011，本人为2完成人.

5.     GB819（中棉所101），2016年通过河南省审定，豫审棉2016009，本人为3完成人.

6.     中棉所96，2016年通过陕西省审定，陕审棉2015001号，本人为3完成人.

7.     中棉所78，2010年通过河南省审定，豫审棉2010010，本人为3完成人.

8.     中棉所60（sGK中156），2014年通过河南省审定，豫审棉2014001，本人为5完成人.

9.     中棉所127（中MBC31776），2020年通过河南省审定，豫审棉20200003，本人为6完成人.

10.   中棉所127（中MBC31776），2020年通过四川省审定，川审棉20200001，本人为6完成人.